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万見
- PDB-4rv3: Crystal structure of a pentafluoro-Phe incorporated Phosphatidyli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rv3
タイトルCrystal structure of a pentafluoro-Phe incorporated Phosphatidylinositol-specific phospholipase C (H258X)from Staphylococcus aureus
要素1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
キーワードLYASE / cation-pi / TIM barrel / encoded unnatural amino acid phospholipase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase / phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase activity / phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者He, T. / Gershenson, A. / Eyles, S.J. / Gao, J. / Roberts, M.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fluorinated Aromatic Amino Acids Distinguish Cation-pi Interactions from Membrane Insertion.
著者: He, T. / Gershenson, A. / Eyles, S.J. / Lee, Y.J. / Liu, W.R. / Wang, J. / Gao, J. / Roberts, M.F.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32018年8月29日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5353
ポリマ－34,2961
非ポリマー2392
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.850, 59.850, 180.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase


分子量: 34296.055 Da / 分子数: 1 / 変異: H258(PF5) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P45723, phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル


分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 26% PEG 4000,0.150M ammonium acetate,0.1M sodium acetate, 0.1M magnesium nitrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月28日
放射モノクロメーター: Osmic VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.87 Å / Num. all: 23089 / Num. obs: 22311 / % possible obs: 96.61 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.31 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.13 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 74.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→49.87 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 1139 5.11 %Random
Rwork0.1797 ---
obs0.1825 22307 96.61 %-
all-23089 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 16 161 2594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.023394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.745906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.09110.28721140.20072035X-RAY DIFFRACTION77
2.0911-2.20130.25171390.19852575X-RAY DIFFRACTION96
2.2013-2.33930.27621660.18732658X-RAY DIFFRACTION100
2.3393-2.51990.28211310.20272718X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.77340.28751440.21062711X-RAY DIFFRACTION100
2.7734-3.17470.27281670.20452718X-RAY DIFFRACTION100
3.1747-3.99950.22631530.17272775X-RAY DIFFRACTION100
3.9995-49.88670.17081250.14882978X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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