PDB-4rsx: The structure of the effector protein from Pseudomonas syringae p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rsx

タイトル

The structure of the effector protein from Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000

要素

Type III effector HopA1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / alpha/beta fold / effector

機能・相同性

HopA1 effector protein / HopA1 effector protein family / Type III effector HopA1

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.303 Å

データ登録者

Park, Y. / Shin, I. / Rhee, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the effector protein HopA1 from Pseudomonas syringae
著者: Park, Y. / Shin, I. / Rhee, S.

履歴

登録	2014年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rsx.cif.gz	116.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rsx.ent.gz	89.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rsx_validation.pdf.gz	420.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rsx_full_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示
XML形式データ	4rsx_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	4rsx_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rswSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h72-d 3tjm-d 1h5k-d 4dhf-2 3ma6-2 1h5a-d 6e6y-1 6e6y-2 5x3h-2 6n9p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type III effector HopA1

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.769, 79.769, 96.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Type III effector HopA1 / Effector protein 分子量: 28839.695 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 123-379 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (バクテリア) 遺伝子: hopA1, PSPTO_5354 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87UE5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.96 % / Mosaicity: 0.263 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate/citric acid, 10%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月17日

放射

モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.161 / Χ²: 1.116 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	22.7	0.652	1518	1.261	100
2.38-2.48	22.7	0.537	1563	1.233	100
2.48-2.59	22.7	0.451	1531	1.213	100
2.59-2.73	22.7	0.376	1538	1.201	100
2.73-2.9	22.7	0.277	1551	1.172	100
2.9-3.12	22.7	0.21	1547	1.137	100
3.12-3.44	22.7	0.146	1548	1.087	100
3.44-3.93	22.6	0.099	1549	0.985	100
3.93-4.95	22.4	0.082	1558	0.944	100
4.95-50	21.5	0.082	1578	0.922	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RSW

4rsw

解像度: 2.303→30.738 Å / FOM work R set: 0.8797 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	1540	9.97 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.162	15447	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.93 Å² / B_iso mean: 24.06 Å² / B_iso min: 5.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.303→30.738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2020	0	0	185	2205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	2768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	295
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.016	795

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3034-2.3778	0.229	134	0.1803	1255	1389
2.3778-2.4627	0.2307	135	0.1755	1266	1401
2.4627-2.5613	0.244	143	0.1828	1264	1407
2.5613-2.6778	0.2207	136	0.181	1255	1391
2.6778-2.8189	0.2248	142	0.1728	1258	1400
2.8189-2.9953	0.1692	138	0.1704	1259	1397
2.9953-3.2264	0.254	146	0.1709	1260	1406
3.2264-3.5506	0.2111	138	0.1484	1254	1392
3.5506-4.0634	0.1576	149	0.1335	1273	1422
4.0634-5.1157	0.1727	139	0.1309	1269	1408
5.1157-30.7404	0.1853	140	0.168	1294	1434

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2248	0.1207	-0.1978	0.1881	-0.0742	0.1954	0.0558	-0.1686	-0.0092	0.1692	-0.0486	-0.0498	0.0019	0.1371	-0.0003	0.1412	0.0146	0.0029	0.1668	-0.0356	0.113	23.6324	61.7628	10.3888
2	0.2773	0.0779	-0.1754	0.0255	-0.0636	0.1456	-0.0473	-0.1048	-0.1107	-0.0407	-0.0376	-0.0639	-0.0169	0.1127	-0.0839	0.1534	0.0082	0.0514	0.0486	0.0346	0.1174	7.9099	35.8555	10.8674
3	0.3299	0.1884	-0.1846	0.289	-0.2256	0.6696	-0.194	0.0035	-0.2285	-0.0951	0.0532	-0.1268	0.2733	0.2111	-0.064	0.2353	0.0274	0.0143	0.1491	0.0097	0.2261	14.955	32.6452	-2.6631
4	0.2453	-0.0657	-0.1182	0.239	0.0302	0.2609	-0.0498	0.03	-0.0645	-0.0629	0.0124	0.0752	0.0735	-0.0489	-0.3694	0.078	-0.0046	-0.0123	0.0732	0.0164	0.0825	6.1637	47.3518	-1.0096
5	0.7721	0.5723	-0.0022	0.638	-0.0407	0.2256	-0.0533	0.0512	0.0421	0.0175	0.1123	-0.0113	0.0339	0.0656	0.1195	0.0966	0.0174	0.0114	0.0867	-0.0151	0.0902	18.057	61.5046	2.7028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 123 through 157 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 158 through 180 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 181 through 223 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 224 through 302 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 303 through 379 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)