PDB-4rsw: The structure of the effector protein from Pseudomonas syringae p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rsw

タイトル

The structure of the effector protein from Pseudomonas syringae pv. syringae strain 61

要素

HopA1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / alpha/beta fold / effector

機能・相同性

HopA1 effector protein / HopA1 effector protein family / HopA1

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Park, Y. / Shin, I. / Rhee, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the effector protein HopA1 from Pseudomonas syringae
著者: Park, Y. / Shin, I. / Rhee, S.

履歴

登録	2014年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rsw.cif.gz	215.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rsw.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rsw_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rsw_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	4rsw_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	4rsw_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rsxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i19-1 4hva-d 6nml-d 5ugq-d 1xdk-1 6srb-d 4j26-d 2h4w-1 2qm6-2 3wd6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HopA1

B: HopA1

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.522, 62.522, 156.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	HopA1 / Effector protein 分子量: 28801.201 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 120-374 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア) 株: 61 / 遺伝子: hopA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83YM3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.79 % / Mosaicity: 0.809 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 56.43 %(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97946, 0.97960, 0.97178

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97946	1
2	0.9796	1
3	0.97178	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 47054 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.126 / Χ²: 1.065 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	15	0.962	4702	0.855	100
1.97-2.05	15.1	0.661	4688	0.885	100
2.05-2.14	15.1	0.462	4722	0.908	100
2.14-2.25	15.1	0.316	4729	0.931	100
2.25-2.39	15.2	0.242	4703	0.969	100
2.39-2.58	15.2	0.187	4706	1.031	100
2.58-2.84	15.2	0.138	4741	1.084	100
2.84-3.25	15.1	0.103	4711	1.2	100
3.25-4.09	14.2	0.081	4714	1.276	99.6
4.09-50	12.4	0.08	4638	1.64	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→33.74 Å / FOM work R set: 0.8505 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	1991	4.24 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.1964	47009	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.13 Å² / B_iso mean: 30.26 Å² / B_iso min: 11.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3978	0	0	358	4336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	5456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.89	1574

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8996-1.9471	0.2726	142	0.2585	3194	3336	99
1.9471-1.9997	0.2673	141	0.2556	3241	3382	100
1.9997-2.0586	0.2746	144	0.2236	3196	3340	100
2.0586-2.125	0.2741	135	0.2189	3213	3348	100
2.125-2.2009	0.2483	140	0.2126	3245	3385	100
2.2009-2.289	0.258	143	0.2134	3204	3347	100
2.289-2.3932	0.2577	144	0.2102	3236	3380	100
2.3932-2.5193	0.267	149	0.2153	3216	3365	100
2.5193-2.6771	0.2277	143	0.2042	3216	3359	100
2.6771-2.8837	0.2247	142	0.2009	3215	3357	100
2.8837-3.1737	0.22	140	0.1903	3265	3405	100
3.1737-3.6325	0.181	141	0.1737	3209	3350	100
3.6325-4.5747	0.1979	143	0.1632	3207	3350	99
4.5747-33.7451	0.2302	144	0.1975	3161	3305	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7766	0.5182	0.4685	1.6408	0.6719	0.455	-0.112	0.0948	-0.1149	-0.2894	0.0791	-0.128	-0.0893	0.1193	-0.0292	0.2235	-0.0096	0.0604	0.1542	0.0047	0.1239	4.8827	-20.9769	-4.2758
2	1.2644	-0.1756	-0.1977	0.4433	-0.0096	0.1481	-0.0945	0.0671	0.2505	-0.4056	0.0167	-0.1827	-0.1	0.0729	0.029	0.3176	-0.0349	0.0237	0.1513	0.0313	0.2025	6.9897	-9.1589	-5.173
3	0.9032	0.3063	-0.2435	0.7253	0.1524	1.1316	-0.0884	-0.1995	0.161	0.0119	-0.068	0.1764	-0.0778	0.0137	-0.2942	0.1905	0.0032	-0.0053	0.1508	-0.0571	0.1877	-5.4301	-12.3591	8.1202
4	0.3173	0.0386	-0.0949	0.297	-0.0099	0.234	0.0841	0.0354	-0.0147	-0.0858	-0.0221	-0.2071	-0.1413	-0.0421	0.011	0.1744	0.0213	-0.0476	0.1711	0.0207	0.2229	8.1005	-36.3464	1.7085
5	0.4216	0.1806	-0.1232	0.4825	0.0436	0.589	0.1109	0.0951	0.0206	-0.2582	-0.2355	0.4336	-0.1665	-0.1288	0.014	0.2357	0.0511	-0.0812	0.1888	-0.0601	0.2403	-17.7527	-33.6327	-8.2669
6	0.4556	-0.1062	0.0789	0.3007	0.0751	0.3572	0.0975	0.0387	-0.1628	-0.0823	-0.1136	0.1649	-0.0187	-0.0471	-0.0067	0.175	-0.0099	-0.0452	0.1041	-0.0297	0.176	-8.5915	-46.5633	-4.56
7	0.5105	0.2509	-0.4435	0.3432	-0.1793	0.4015	0.0661	-0.1382	-0.109	0.1096	-0.1144	-0.0731	-0.0719	-0.0731	-0	0.2256	-0.01	-0.0431	0.1761	0.0345	0.2101	4.6017	-43.2713	8.1711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 120 through 219 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 220 through 298 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 299 through 374 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 120 through 163 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 164 through 219 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 220 through 298 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and (resid 299 through 374 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)