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- PDB-2qm6: Crystal Structure of Helicobacter Pylori Gamma-Glutamyltranspepti... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qm6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Helicobacter Pylori Gamma-Glutamyltranspeptidase in Complex with Glutamate | ||||||
![]() | (Gamma-glutamyltranspeptidase) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NTN-HYDROLASE / GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE | ||||||
Function / homology | ![]() gamma-glutamyltransferase / glutathione gamma-glutamate hydrolase / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / glutathione biosynthetic process / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barycki, J.J. / Sand, A. / Boanca, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Characterization of Helicobacter pylori gamma-glutamyltranspeptidase reveals the molecular basis for substrate specificity and a critical role for the tyrosine 433-containing loop in catalysis. Authors: Morrow, A.L. / Williams, K. / Sand, A. / Boanca, G. / Barycki, J.J. #1: ![]() Title: Autoprocessing of Helicobacter pylori gamma-glutamyltranspeptidase leads to the formation of a threonine-threonine catalytic dyad. Authors: Boanca, G. / Sand, A. / Okada, T. / Suzuki, H. / Kumagai, H. / Fukuyama, K. / Barycki, J.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 180.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 470.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 65.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2qmcC ![]() 2nqoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40577.379 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 25-379 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 20410.186 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 380-567 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 200 MM HEPES, 25% PEG MME2000, 5 MG/ML PROTEIN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 10, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 136302 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 21.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 99.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 2NQO Resolution: 1.6→32.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.697 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.085 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.361 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→32.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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