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Yorodumi- PDB-4rsx: The structure of the effector protein from Pseudomonas syringae p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rsx | ||||||
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Title | The structure of the effector protein from Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 | ||||||
Components | Type III effector HopA1 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / alpha/beta fold / effector | ||||||
Function / homology | HopA1 effector protein / HopA1 effector protein family / Type III effector HopA1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.303 Å | ||||||
Authors | Park, Y. / Shin, I. / Rhee, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2015 Title: Crystal structure of the effector protein HopA1 from Pseudomonas syringae Authors: Park, Y. / Shin, I. / Rhee, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rsx.cif.gz | 116.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rsx.ent.gz | 89.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rsx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rsx_validation.pdf.gz | 420.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4rsx_full_validation.pdf.gz | 422.9 KB | Display | |
Data in XML | 4rsx_validation.xml.gz | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4rsx_validation.cif.gz | 18.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rsx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4rswSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28839.695 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 123-379 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (bacteria) Gene: hopA1, PSPTO_5354 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q87UE5 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.96 % / Mosaicity: 0.263 ° |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M sodium citrate/citric acid, 10%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DCM Si (111) Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 15481 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 22.6 % / Biso Wilson estimate: 23.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 5.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RSW Resolution: 2.303→30.738 Å / FOM work R set: 0.8797 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.93 Å2 / Biso mean: 24.06 Å2 / Biso min: 5.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.303→30.738 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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