[日本語] English
万見
- PDB-4rsi: Yeast Smc2-Smc4 hinge domain with extended coiled coils -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rsi
タイトルYeast Smc2-Smc4 hinge domain with extended coiled coils
要素
  • Structural maintenance of chromosomes protein 2
  • Structural maintenance of chromosomes protein 4
キーワードCELL CYCLE / Smc hinge domain with coiled coil / chromosomal condensation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / condensin complex / DNA secondary structure binding / rDNA chromatin condensation / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / condensin complex / DNA secondary structure binding / rDNA chromatin condensation / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / double-stranded DNA binding / cell division / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smc2, ATP-binding cassette domain / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Soh, Y.M. / Shin, H.C. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular Basis for SMC Rod Formation and Its Dissolution upon DNA Binding.
著者: Soh, Y.M. / Burmann, F. / Shin, H.C. / Oda, T. / Jin, K.S. / Toseland, C.P. / Kim, C. / Lee, H. / Kim, S.J. / Kong, M.S. / Durand-Diebold, M.L. / Kim, Y.G. / Kim, H.M. / Lee, N.K. / Sato, M. ...著者: Soh, Y.M. / Burmann, F. / Shin, H.C. / Oda, T. / Jin, K.S. / Toseland, C.P. / Kim, C. / Lee, H. / Kim, S.J. / Kong, M.S. / Durand-Diebold, M.L. / Kim, Y.G. / Kim, H.M. / Lee, N.K. / Sato, M. / Oh, B.H. / Gruber, S.
履歴
登録2014年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes protein 2
B: Structural maintenance of chromosomes protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8044
ポリマ－90,6142
非ポリマー1902
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.259, 49.707, 154.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 2 / DA-box protein SMC2


分子量: 45382.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Smc2 hinge / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: separate expression co-purification
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: Saccharomyces cerevisiae, SMC2, YFR031C / プラスミド: pProExHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIPL / 参照: UniProt: P38989
#2: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 4


分子量: 45231.340 Da / 分子数: 1 / 断片: Smc4 hinge / 由来タイプ: 組換発現
詳細: stop codon, culture in minimal media, co-purification
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: L9449.5, Saccharomyces cerevisiae, SMC4, YLR086W / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q12267
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG 300, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.0, 8% glycerol, 10 mM dithiothreitol (DTT), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射モノクロメーター: Numerical link type double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 49139 / Num. obs: 28485 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 33.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→38.922 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 2776 5.65 %5% random
Rwork0.2227 ---
all-49139 --
obs-28485 80.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5234 0 10 8 5252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2877158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7032021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006929
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.950.3826800.33861606X-RAY DIFFRACTION56
2.95-3.00360.34371050.34041607X-RAY DIFFRACTION57
3.0036-3.06140.3971980.35061722X-RAY DIFFRACTION60
3.0614-3.12380.34981180.33031876X-RAY DIFFRACTION64
3.1238-3.19170.36741160.29411957X-RAY DIFFRACTION69
3.1917-3.2660.3151180.29682054X-RAY DIFFRACTION73
3.266-3.34760.32951210.26462251X-RAY DIFFRACTION77
3.3476-3.4380.3341440.24322340X-RAY DIFFRACTION82
3.438-3.53910.25561540.23472442X-RAY DIFFRACTION84
3.5391-3.65330.30581510.2332450X-RAY DIFFRACTION87
3.6533-3.78380.2681460.23192588X-RAY DIFFRACTION89
3.7838-3.93510.24031650.21172490X-RAY DIFFRACTION88
3.9351-4.1140.27361530.20442643X-RAY DIFFRACTION90
4.114-4.33070.26111460.20082583X-RAY DIFFRACTION92
4.3307-4.60160.23061670.18092693X-RAY DIFFRACTION93
4.6016-4.95620.23871650.17662726X-RAY DIFFRACTION93
4.9562-5.45380.26351710.18712648X-RAY DIFFRACTION94
5.4538-6.24020.27481550.21622714X-RAY DIFFRACTION94
6.2402-7.85140.20171690.20342695X-RAY DIFFRACTION95
7.8514-38.92580.23671340.21642278X-RAY DIFFRACTION79

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る