[日本語] English
万見
- PDB-4rs0: Crystal Structure of Murine H90W Cyclooxygenase-2 Complexed with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rs0
タイトルCrystal Structure of Murine H90W Cyclooxygenase-2 Complexed with S-ibuprofen
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NSAID / protein-drug complex / prostaglandin-endoperoxide synthase / glycosylation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / positive regulation of fibroblast growth factor production ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / positive regulation of platelet-derived growth factor production / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen / positive regulation of fibroblast growth factor production / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / prostanoid biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / cyclooxygenase pathway / positive regulation of fever generation / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of smooth muscle contraction / response to selenium ion / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin secretion / positive regulation of synaptic plasticity / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle contraction / nuclear inner membrane / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / bone mineralization / maintenance of blood-brain barrier / decidualization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of cell cycle / nuclear outer membrane / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / keratinocyte differentiation / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to cytokine / embryo implantation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / brown fat cell differentiation / learning / peroxidase activity / positive regulation of protein import into nucleus / caveola / regulation of blood pressure / memory / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.807 Å
データ登録者Xu, S. / Blobaum, A.L. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Action at a Distance: MUTATIONS OF PERIPHERAL RESIDUES TRANSFORM RAPID REVERSIBLE INHIBITORS TO SLOW, TIGHT BINDERS OF CYCLOOXYGENASE-2.
著者: Blobaum, A.L. / Xu, S. / Rowlinson, S.W. / Duggan, K.C. / Banerjee, S. / Kudalkar, S.N. / Birmingham, W.R. / Ghebreselasie, K. / Marnett, L.J.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7466
ポリマ－67,3811
非ポリマー1,3655
水1,946108
1
A: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子

A: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,49212
ポリマ－134,7622
非ポリマー2,73110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x,-y-1/2,-z-3/41
Buried area10590 Å2
ΔGint37 kcal/mol
Surface area43140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.207, 173.207, 204.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-884-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67380.773 Da / 分子数: 1 / 変異: H90W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): baculovirus
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 109分子

#5: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID


分子量: 206.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM EPPS pH 8.0, 20~25% PEG MME 550, 80~120 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.807→48.275 Å / Num. all: 38122 / Num. obs: 38044 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3631 / % possible all: 96.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NT1

3nt1


解像度: 2.807→48.275 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 1906 5.01 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
all0.174 38044 --
obs0.1735 38033 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.807→48.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4516 0 91 108 4715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6526437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4331753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.807-2.87720.28331270.25332440X-RAY DIFFRACTION96
2.8772-2.9550.25551410.23922556X-RAY DIFFRACTION100
2.955-3.04190.25121330.22672539X-RAY DIFFRACTION100
3.0419-3.14010.27931320.2232567X-RAY DIFFRACTION100
3.1401-3.25230.24721230.20522558X-RAY DIFFRACTION100
3.2523-3.38250.25641190.20462578X-RAY DIFFRACTION100
3.3825-3.53640.23381470.18752566X-RAY DIFFRACTION100
3.5364-3.72280.17431440.16772563X-RAY DIFFRACTION100
3.7228-3.95590.17681360.14792575X-RAY DIFFRACTION100
3.9559-4.26120.15311400.13772571X-RAY DIFFRACTION100
4.2612-4.68970.14761400.13352609X-RAY DIFFRACTION100
4.6897-5.36750.16361280.13312620X-RAY DIFFRACTION100
5.3675-6.75960.18621670.1792607X-RAY DIFFRACTION100
6.7596-48.28190.20581290.1742778X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る