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- PDB-4rqb: Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (ta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rqb
タイトルCrystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (target ID NYSGRC-029686) from Staphylococcus aureus (tetragonal space group)
要素Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PRTase / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性Rossmann fold - #2020 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Unknown ligand / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Ghosh, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (target ID NYSGRC-029686) from Staphylococcus aureus (tetragonal space group)
著者: Ghosh, A. / Ahmed, A. / Bhoshle, R. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2014年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,17512
ポリマ－42,4792
非ポリマー69610
水1,20767
1
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6206
ポリマ－21,2391
非ポリマー3805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5556
ポリマ－21,2391
非ポリマー3165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,35024
ポリマ－84,9584
非ポリマー1,39220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11930 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.244, 109.244, 100.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypoxanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 21239.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300_TCH1516 / 遺伝子: hpt / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRIL
参照: UniProt: A8YZK8, hypoxanthine phosphoribosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 77分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate, 1.26 M Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 43010 / Num. obs: 42955 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.45-2.496.10.86199.2
2.49-2.5470.7271100
2.54-2.597.50.6921100
2.59-2.647.90.6691100
2.64-2.77.90.6261100
2.7-2.767.90.5591100
2.76-2.837.90.4421100
2.83-2.97.90.3521100
2.9-2.997.90.2891100
2.99-3.097.90.2641100
3.09-3.27.90.2121100
3.2-3.327.90.1711100
3.32-3.487.90.1411100
3.48-3.667.90.1241100
3.66-3.897.90.111100
3.89-4.1980.11100
4.19-4.617.90.1161100
4.61-5.2880.1351100
5.28-6.6580.1351100
6.65-507.90.073199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RQA

4rqa


解像度: 2.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.369 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Unmodeled densities present near Thr112 of both protomers (chain A and B)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22074 1184 5.1 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.17961 21861 99.88 %-
all-23101 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2857 0 49 67 2973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0962.0244009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89536800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5915370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03925.84125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.6215554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5851512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9921.9861462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9851.9841461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3422.961829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1682.4291508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.448→2.511 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 63 -
Rwork0.229 1585 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97120.02670.40260.41980.19330.7125-0.0077-0.0549-0.00470.01170.020.0224-0.0633-0.0243-0.01230.056-0.00780.03350.0119-0.02250.083620.973650.25544.4755
20.7445-0.4019-0.0341.01780.16550.81290.11050.20640.0986-0.1575-0.1105-0.1193-0.15440.04340.00010.0989-0.00460.0440.09620.04420.069632.44654.2372-14.6108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 7
2X-RAY DIFFRACTION1A8 - 80
3X-RAY DIFFRACTION1A81 - 157
4X-RAY DIFFRACTION1A158 - 185
5X-RAY DIFFRACTION2B6 - 10
6X-RAY DIFFRACTION2B11 - 57
7X-RAY DIFFRACTION2B58 - 104
8X-RAY DIFFRACTION2B105 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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