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万見
- PDB-4rpm: Crystal structure of the SAT domain from the non-reducing fungal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rpm
タイトルCrystal structure of the SAT domain from the non-reducing fungal polyketide synthase CazM with bound hexanoyl
要素SAT domain from CazM
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase ...Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANOIC ACID / HEXANOYL-COENZYME A / Ketosynthase family 3 (KS3) domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium globosum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY STARTING FROM 4RO5 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Winter, J.M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Tang, Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Biochemical and Structural Basis for Controlling Chemical Modularity in Fungal Polyketide Biosynthesis.
著者: Winter, J.M. / Cascio, D. / Dietrich, D. / Sato, M. / Watanabe, K. / Sawaya, M.R. / Vederas, J.C. / Tang, Y.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAT domain from CazM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5583
ポリマ－44,5761
非ポリマー9822
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.670, 52.360, 168.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SAT domain from CazM


分子量: 44576.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium globosum (菌類) / 株: CBS 148.51 / 遺伝子: cazM, CHGG_07645 / プラスミド: pHis8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GWK9
#2: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2
#3: 化合物 ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA


分子量: 865.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N7O17P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AS PER THE AUTH THE SEQUENCE REPRESENTED BY UNP Q2GWK9 IS INCORRECT IN THIS REGION. THE AUTHORS ...AS PER THE AUTH THE SEQUENCE REPRESENTED BY UNP Q2GWK9 IS INCORRECT IN THIS REGION. THE AUTHORS RESEQUENCED THIS REGION AND FOUND AN EXTRA BASE CAUSING A DISCREPANCY BETWEEN THE AUTHORS SEQUENCE AND UNIPROT SEQ. THIS DISCREPANCY CAUSES THE ARTIFICIAL OCCURRENCE OF AN EXTRA INTRON IN THAT REGION. THIS ENTIRE REGION WAS RE-SEQUENCED BY THE AUTHORS USING CDNA AND THEY HAVE AN ACTIVE ENZYME AND THEIR SEQUENCE MATCHES TO THE 4RO5 CRYSTAL STRUCTURE AT 1.6A RESOLUTION. THE AUTHORS WILL DEPOSIT THE CORRECTED SEQUENCE SOON

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris HCl pH 7, 20% PEG 8000 and 1.4 mM hexanoyl-CoA, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→84.01 Å / Num. all: 79353 / Num. obs: 79353 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 16.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Χ2: 1.069 / Net I/σ(I): 12.79
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.440.5392.01201775680196.6
1.44-1.470.422.72209485680198.6
1.47-1.520.3123.65199775489198.8
1.52-1.560.2554.41189575334198.5
1.56-1.620.2025.41184945214199.1
1.62-1.670.1736.69188985042199.2
1.67-1.740.1448.01182314901199.1
1.74-1.810.1159.81170424662198.7
1.81-1.890.09211.8151484476198.4
1.89-1.980.07914.94161244357199.2
1.98-2.090.06417.88150894126199.4
2.09-2.210.05420.42140703899199.4
2.21-2.370.04821.79122893632197.4
2.37-2.550.04523118233413198.5
2.55-2.80.04325.45113653170199
2.8-3.130.0426.69101082877198.6
3.13-3.610.03427.5882052500196.9
3.61-4.420.03229.6879072216198.8
4.42-6.260.03328.5455641692196.9
6.26-84.010.03927.983056993195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: RIGID BODY STARTING FROM 4RO5
開始モデル: PDB entry 4RO5

4ro5


解像度: 1.4→84.01 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 7935 10 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1889 79350 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.7 Å2 / Biso mean: 22.6185 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→84.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3013 0 16 185 3214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0184272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3931156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.41510.27332510.25862259251094
1.4151-1.43170.29732600.24682338259899
1.4317-1.44920.24012620.23642355261798
1.4492-1.46750.25312610.22462348260999
1.4675-1.48690.23632620.21762359262199
1.4869-1.50720.24372590.20442332259198
1.5072-1.52880.22772640.20262376264099
1.5288-1.55160.23122580.19762322258098
1.5516-1.57580.21852680.19952408267699
1.5758-1.60170.21582550.18752307256298
1.6017-1.62930.20582690.17932416268599
1.6293-1.65890.20432600.18012343260399
1.6589-1.69080.21462680.18632417268599
1.6908-1.72530.22822610.183523472608100
1.7253-1.76290.20832650.18462380264599
1.7629-1.80390.21952620.18492362262499
1.8039-1.8490.18432620.1812353261598
1.849-1.8990.21112640.17932380264499
1.899-1.95490.20672650.19022388265399
1.9549-2.0180.20212670.185924002667100
2.018-2.09010.19882670.18342401266899
2.0901-2.17380.1982690.18382423269299
2.1738-2.27270.21022650.17922381264699
2.2727-2.39260.17992600.18442348260896
2.3926-2.54250.2232660.19992391265799
2.5425-2.73880.21712680.18972414268299
2.7388-3.01440.23692720.19932443271599
3.0144-3.45060.20982660.20032401266797
3.4506-4.34740.18262750.17152475275099
4.3474-84.010.16872840.16912548283297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.5665 Å / Origin y: 29.6235 Å / Origin z: 19.9478 Å
111213212223313233
T0.0905 Å2-0.0118 Å2-0.0034 Å2-0.1114 Å20.0058 Å2--0.0942 Å2
L0.8679 °2-0.3121 °2-0.0671 °2-1.1032 °2-0.2976 °2--1.3556 °2
S-0.0094 Å °-0.0636 Å °-0.0444 Å °0.0367 Å °0.0058 Å °-0.0038 Å °-0.0041 Å °0.0493 Å °0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 395
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 572
3X-RAY DIFFRACTION1allA179 - 685
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 401
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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