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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rpf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of homoserine kinase from Yersinia pestis Nepal516, NYSGRC target 032715 | ||||||
要素 | Homoserine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 homoserine kinase / homoserine kinase activity / threonine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ptskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Ptskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Homoserine Kinase from Yersinia Pestis Nepal516, Nysgrc Target 032715 著者: Patskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / ...著者: Patskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rpf.cif.gz | 184.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rpf.ent.gz | 149.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rpf_validation.pdf.gz | 457 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rpf_full_validation.pdf.gz | 460.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rpf_validation.xml.gz | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rpf_validation.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/4rpf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33347.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: Nepal516 / 遺伝子: thrB, YPN_0332, YP516_0338 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1CMW6, homoserine kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PROTEIN IN 10 MM BIS-TRIS, 500 MM SODIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, 10 MM D-GLUCOSE, RESERVOIR: 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 25.5% W/V PEG4000, 15% W/V ...詳細: PROTEIN IN 10 MM BIS-TRIS, 500 MM SODIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, 10 MM D-GLUCOSE, RESERVOIR: 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 25.5% W/V PEG4000, 15% W/V GLYCEROL, 0.5 M 2-Aminoethylphosphonate; CRYOPROTECTANT = RESERVOIR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 | ||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 70518 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 18.25 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.3→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 5.054 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.805 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.72 Å
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拘束条件 |
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