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- PDB-4rpf: Crystal structure of homoserine kinase from Yersinia pestis Nepal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rpf
タイトルCrystal structure of homoserine kinase from Yersinia pestis Nepal516, NYSGRC target 032715
要素Homoserine kinase
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine kinase / homoserine kinase activity / threonine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homoserine kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Homoserine kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Homoserine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ptskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Ptskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Homoserine Kinase from Yersinia Pestis Nepal516, Nysgrc Target 032715
著者: Patskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / ...著者: Patskovsky, Y. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoserine kinase
B: Homoserine kinase
C: Homoserine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6186
ポリマ－100,0423
非ポリマー5763
水1,67593
1
A: Homoserine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5392
ポリマ－33,3471
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Homoserine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5392
ポリマ－33,3471
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Homoserine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5392
ポリマ－33,3471
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Homoserine kinase
B: Homoserine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0794
ポリマ－66,6952
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23560 Å2
手法PISA
5
C: Homoserine kinase
ヘテロ分子

C: Homoserine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0794
ポリマ－66,6952
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area3840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.861, 93.659, 107.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.49539, -0.868654, 0.005348), (-0.868671, -0.495383, 0.002749), (0.000261, -0.006007, -0.999982)40.59843, 70.19075, 143.72435
3given(0.502252, 0.864703, 0.005613), (0.864721, -0.502243, -0.003061), (0.000172, 0.006391, -0.99998)-41.5091, -22.74228, 179.12292

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要素

#1: タンパク質 Homoserine kinase / HK / HSK


分子量: 33347.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: Nepal516 / 遺伝子: thrB, YPN_0332, YP516_0338 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1CMW6, homoserine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PROTEIN IN 10 MM BIS-TRIS, 500 MM SODIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, 10 MM D-GLUCOSE, RESERVOIR: 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 25.5% W/V PEG4000, 15% W/V ...詳細: PROTEIN IN 10 MM BIS-TRIS, 500 MM SODIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT, 10 MM D-GLUCOSE, RESERVOIR: 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 25.5% W/V PEG4000, 15% W/V GLYCEROL, 0.5 M 2-Aminoethylphosphonate; CRYOPROTECTANT = RESERVOIR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.49
111/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -L20.328
111/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -L30.182
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 70518 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
BUCCANEERモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 5.054 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29054 2024 2.9 %RANDOM
Rwork0.24038 ---
obs0.24189 68460 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.95 Å2-0 Å220.42 Å2
2--26.76 Å20 Å2
3----2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6982 0 39 93 7114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1091.9619722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.732315605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2775928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18624.408304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.186151158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8371540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it19.48210.9443715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other19.48310.9423714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it18.68216.4114639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other18.68116.4134640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it23.06512.0063457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other23.07112.0083455
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other22.01617.5635082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined22.63932.9478009
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other22.63832.9478010
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.295→2.355 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 79 -
Rwork0.213 4201 -
obs--80.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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