PDB-4rnu: G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rnu

タイトル

G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme

要素

NADPH dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CIRCULAR PERMUTATION / CATALYSIS / OLD YELLOW ENZYME / FLAVIN COFACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces pastorianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.677 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Daugherty, A.B. / Cheng, X. / Lutz, S.

引用

ジャーナル: ACS Catal / 年: 2015
タイトル: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL CONSEQUENCES OF CIRCULAR PERMUTATION ON THE ACTIVE SITE OF OLD YELLOW ENZYME.
著者: Daugherty, A.B. / Horton, J.R. / Cheng, X. / Lutz, S.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.2	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rnu.cif.gz	611.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rnu.ent.gz	513.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rnu_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rnu_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4rnu_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	4rnu_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rnvC 4rnwC 4rnxC 1oyaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rnw-2 5xkx-d 5z4w-d 1hjw-2 4k8e-d 4gwe-d 4rnv-1 1y54-d 4rnv-4 2ybt-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase 1

B: NADPH dehydrogenase 1

C: NADPH dehydrogenase 1

D: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.662, 87.642, 113.572
Angle α, β, γ (deg.)	69.32, 82.56, 90.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1 分子量: 44943.430 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 303-397, 2-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.677→38.78 Å / Num. all: 45790 / Num. obs: 42123 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.677→2.79 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.829 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4241 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OYA

1oya

解像度: 2.677→38.78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	1823	5.13 %	RANDOM
R_work	0.2472	-	-	-
obs	0.2483	36855	91.28 %	-
all	-	45790	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.677→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11891	0	144	112	12147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	12338
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.502	16784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.984	4408
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.677-2.7444	0.3864	150	0.3414	2728	X-RAY DIFFRACTION	84
2.7444-2.8185	0.3677	130	0.3208	2902	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8185-2.9014	0.3701	144	0.3291	2845	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9014-2.9949	0.3348	134	0.3086	2850	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9949-3.1018	0.3868	144	0.2938	2811	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1018-3.2259	0.2978	128	0.295	2842	X-RAY DIFFRACTION	86
3.2259-3.3724	0.2937	147	0.2873	2808	X-RAY DIFFRACTION	86
3.3724-3.5499	0.3157	123	0.2749	2814	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5499-3.7718	0.4662	96	0.4074	1978	X-RAY DIFFRACTION	60
3.7718-4.0622	0.2894	151	0.2233	2940	X-RAY DIFFRACTION	90
4.0622-4.4694	0.2478	157	0.1937	3086	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4694-5.1126	0.2013	157	0.1888	3106	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1126-6.428	0.2547	150	0.2225	3117	X-RAY DIFFRACTION	95
6.428-27.6505	0.2202	160	0.186	3119	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.334	-0.0609	-0.267	1.9066	1.0964	2.9432	0.2698	0.1874	-0.1411	-1.1368	0.1188	-0.3658	0.5173	0.178	-0.3788	1.0574	0.0426	0.0191	0.3676	-0.0472	0.393	38.09	-19.564	62.7424
2	2.9095	-0.9764	0.0236	6.1461	0.1925	2.6664	0.1458	-0.4751	-0.0854	0.4556	0.1443	0.1663	0.1812	-0.0461	-0.2865	0.483	-0.0097	-0.0059	0.3332	-0.0075	0.3165	32.3438	-11.5629	83.0147
3	1.9009	0.7652	-0.4852	4.6806	0.0815	3.032	0.3241	-0.165	0.3794	1.0096	0.1495	-0.1256	-0.6119	0.2701	-0.3907	0.7468	0.1145	-0.0024	0.2861	-0.0636	0.6756	58.0939	8.4194	121.423
4	1.8788	0.7697	0.4214	4.663	-0.3202	1.4491	0.1832	0.2675	-0.0552	-0.257	0.0743	-0.3307	-0.1185	0.0868	-0.2249	0.4764	0.2342	-0.0146	0.3187	-0.0159	0.3819	58.1281	-3.6869	107.4134
5	2.5015	0.6288	0.158	3.1139	-1.8212	2.3028	-0.1035	0.3771	0.6005	-1.3631	0.2095	0.6118	-0.4801	-0.2654	-0.0547	1.0502	-0.0125	0.0226	0.3303	0.0261	1.1433	65.9591	30.9858	62.8804
6	1.4137	-0.051	0.2621	5.3112	-0.1729	2.0572	-0.0635	-0.3733	0.6473	0.6202	0.2816	-0.1572	-0.3945	-0.0423	-0.1351	0.7373	0.0443	0.1848	0.3166	-0.1818	0.7674	70.6849	23.0119	82.9692
7	2.4861	-0.028	0.2808	2.6879	-1.7381	1.1419	-0.0396	-0.8459	-0.7517	1.9865	0.075	0.625	0.6968	-0.3106	-0.2489	1.7933	0.0968	0.124	0.5032	0.217	0.8005	44.4887	46.8411	129.2533
8	1.683	-0.0037	0.2443	5.5807	0.0139	1.8477	-0.0622	0.2314	-0.9834	-0.2671	0.2196	-0.0278	0.5012	-0.1121	-0.0759	0.6909	0.1232	-0.0846	0.2627	-0.1041	0.8938	45.2318	50.3052	107.8775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:214)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 215:390)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 6:257)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 258:390)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 6:215)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 216:390)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 6:165)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 166:390)

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