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- PDB-5z4w: Crystal structure of signalling protein from buffalo (SPB-40) wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z4w
タイトルCrystal structure of signalling protein from buffalo (SPB-40) with an altered conformation of Trp78 at 1.79 A resolution
要素Chitinase-3-like protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / response to interleukin-1 / lung development / positive regulation of interleukin-8 production ...response to interleukin-6 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / chitin catabolic process / chitin binding / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / response to interleukin-1 / lung development / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Chitinase-3-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bubalus bubalis (スイギュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Singh, P.K. / Chaudhary, A. / Tyagi, T.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2018
タイトル: A glycoprotein from mammary gland secreted during involution promotes apoptosis: Structural and biological studies.
著者: Chaudhary, A. / Kumar, V. / Singh, P.K. / Sharma, P. / Bairagya, H.R. / Kaur, P. / Sharma, S. / Chauhan, S.S. / Singh, T.P.
履歴
登録2018年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年2月14日ID: 5WSM
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase-3-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0964
ポリマ－40,7111
非ポリマー3853
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.068, 66.735, 106.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chitinase-3-like protein 1 / Mammary gland protein 40 / SPB-40


分子量: 40710.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bubalus bubalis (スイギュウ) / 参照: UniProt: Q7YS85
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細Sequence of this structure is based on reference 1 of database Q7YS85 (CH3L1_BUBBU) in UniProtKB. ...Sequence of this structure is based on reference 1 of database Q7YS85 (CH3L1_BUBBU) in UniProtKB. Residue D232 is missing according to the reference.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 35mM Tris-HCl, 25mM NaCl, 20% ethanol pH 8.0 / PH範囲: 5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→56.5 Å / Num. obs: 40939 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q7N

4q7n


解像度: 1.79→56.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 5.31 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 2050 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 38703 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→56.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2874 0 25 385 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0192976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5291.9444036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32636249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6355359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54123.214140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.98615476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1771520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1840.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0213313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6161.6211440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6161.6221441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5822.4191797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5842.4211798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.381.9291536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3791.931537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6872.7812240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.17733.44315577
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.17133.36615553
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 142 -
Rwork0.245 2574 -
obs--90.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.7436 Å / Origin y: -2.6351 Å / Origin z: -6.8875 Å
111213212223313233
T0.0082 Å2-0.0066 Å2-0.0074 Å2-0.0298 Å20.0184 Å2--0.0194 Å2
L1.3659 °2-0.1196 °2-0.1939 °2-1.6213 °20.749 °2--1.9691 °2
S-0.0136 Å °0.0647 Å °0.0671 Å °0.0137 Å °0.0172 Å °-0.0965 Å °0.0631 Å °0.1214 Å °-0.0036 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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