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- PDB-4rnp: BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rnp
タイトルBACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY
要素RNA POLYMERASE
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / RNA POLYMERASE / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Sousa, R. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of bacteriophage T7 RNA polymerase at 3.3 A resolution.
著者: Sousa, R. / Chung, Y.J. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1991
タイトル: Preparation of Crystals of T7 RNA Polymerase Suitable for High-Resolution X-Ray Structure Analysis
著者: Sousa, R. / Lafer, E.M. / Wang, B.C.
#2: ジャーナル: Methods (San Diego) / 年: 1990
タイトル: The Use of Glycerol in the Crystallization of T7 RNA Polymerase: Implications for the Use of Co-Solvents in Protein Crystallization
著者: Sousa, R. / Lafer, E.M.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1989
タイトル: Single Crystals of Bacteriophage T7 RNA Polymerase
著者: Sousa, R. / Rose, J.P. / Chung, Y.J. / Lafer, E.M. / Wang, B.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Nucleotide Sequence of the Gene for Bacteriophage T7 RNA Polymerase
著者: Moffatt, B.A. / Dunn, J.J. / Studier, F.W.
履歴
登録1997年9月11日処理サイト: BNL
置き換え1997年12月3日ID: 3RNP
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA POLYMERASE
B: RNA POLYMERASE
C: RNA POLYMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,9533
ポリマ－296,9533
非ポリマー00
水00
1
A: RNA POLYMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9841
ポリマ－98,9841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA POLYMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9841
ポリマ－98,9841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA POLYMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9841
ポリマ－98,9841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.267, 137.681, 122.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THREE MOLECULES DENOTED AS CHAINS 'A', 'B', AND 'C' IN THIS ENTRY. THE THREE CHAIN ARE RELATED BY LOCAL 3(1) SYMMETRY.

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要素

#1: タンパク質 RNA POLYMERASE / T7 RNAP / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIGH SALT FORM, LOW TEMPERATURE DATA
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 細胞株: 293 / 遺伝子: T7 RNAP / プラスミド: T7 / 遺伝子 (発現宿主): T7 RNAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS

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データ収集

回折平均測定温度: 81 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月10日 / 詳細: YALE/MSC MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 88576 / % possible obs: 77.52 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.11 % / Rsym value: 0.138

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解析

ソフトウェア
名称分類
反復単一同系置換位相決定
PHASES位相決定
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 最高解像度: 3 Å
詳細: UNREFINED ALPHA CARBON MODEL THE COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY ARE UNREFINED ALPHA CARBON COORDINATES OBTAINED FROM HIGHER RESOLUTION LOW TEMPERATURE DATA. THE REFINEMENT IS IN PROGRESS. ...詳細: UNREFINED ALPHA CARBON MODEL THE COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY ARE UNREFINED ALPHA CARBON COORDINATES OBTAINED FROM HIGHER RESOLUTION LOW TEMPERATURE DATA. THE REFINEMENT IS IN PROGRESS. THE FULL COORDINATE SET WILL BE DEPOSITED ONCE THE REFINEMENT IS COMPLETE. THERE ARE 10 REGIONS OF UNDEFINED DENSITY IN EACH CHAIN. THESE REGIONS ARE ALL LOCATED ON THE MOLECULAR SURFACE. REGION 1 RESIDUES 1 - 6 REGION 2 RESIDUES 57 - 70 REGION 3 RESIDUES 164 - 179 REGION 4 RESIDUES 232 - 240 REGION 5 RESIDUES 346 - 348 REGION 6 RESIDUES 495 - 499 REGION 7 RESIDUES 587 - 610 REGION 8 RESIDUES 636 - 645 REGION 9 RESIDUES 709 - 720 REGION 10 RESIDUES 751 - 754 IN TOTAL, THERE ARE 780 (88.4%) RESIDUES ASSIGNED IN ELECTRON DENSITY MAP AND 103 (11.6%) RESIDUES ARE MISSING.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 0 0 2340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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