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- PDB-4rmf: Biochemical and structural characterization of mycobacterial aspa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rmf
タイトルBiochemical and structural characterization of mycobacterial aspartyl-tRNA synthetase AspS, a promising TB drug target
要素Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
キーワードLIGASE / alpha and beta proteins / tRNA synthetase / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-tRNAAsn ligase / aspartate-tRNA(Asn) ligase activity / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAD-like domain / Aspartate-tRNA ligase, type 1 / : / : / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) ...GAD-like domain / Aspartate-tRNA ligase, type 1 / : / : / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Gyrase A; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,2-bis(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / FORMIC ACID / Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cox, J.A.G. / Gurcha, S.S. / Veeraraghavan, U. / Besra, G.S. / Futterer, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of Mycobacterial Aspartyl-tRNA Synthetase AspS, a Promising TB Drug Target.
著者: Gurcha, S.S. / Usha, V. / Cox, J.A. / Futterer, K. / Abrahams, K.A. / Bhatt, A. / Alderwick, L.J. / Reynolds, R.C. / Loman, N.J. / Nataraj, V. / Alemparte, C. / Barros, D. / Lloyd, A.J. / ...著者: Gurcha, S.S. / Usha, V. / Cox, J.A. / Futterer, K. / Abrahams, K.A. / Bhatt, A. / Alderwick, L.J. / Reynolds, R.C. / Loman, N.J. / Nataraj, V. / Alemparte, C. / Barros, D. / Lloyd, A.J. / Ballell, L. / Hobrath, J.V. / Besra, G.S.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7123
ポリマ－66,5301
非ポリマー1822
水2,234124
1
A: Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
ヘテロ分子

A: Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4246
ポリマ－133,0592
非ポリマー3644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area46790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.609, 141.514, 156.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-810-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase / Aspartyl-tRNA synthetase / AspRS / Non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase / ND-AspRS


分子量: 66529.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: aspS, MSMEG_3003, MSMEI_2928 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QWN3, aspartate-tRNAAsn ligase
#2: 化合物 ChemComp-3SY / 2,2-bis(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / ペンタエリスリト-ル


分子量: 136.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 % (v/v) pentaerythritol ethoxylate, 0.1 M magnesium formate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月16日 / 詳細: VariMax
放射モノクロメーター: multi-layer mirrors (VariMax) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.04 Å / Num. all: 31382 / Num. obs: 31382 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 25.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C0A

1c0a


解像度: 2.4→42.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 13.909 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24462 1580 5 %RANDOM
Rwork0.21519 ---
all0.2152 29771 --
obs0.21671 29771 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4323 0 12 124 4459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9566040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.295578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.61723.01196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82115635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2751538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213484
LS精密化 シェル解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 105 -
Rwork0.263 1971 -
obs--96.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.759 Å / Origin y: -15.784 Å / Origin z: 8.797 Å
111213212223313233
T0.1094 Å2-0.047 Å2-0.0073 Å2-0.1532 Å20.0194 Å2--0.0478 Å2
L0.431 °20.2336 °2-0.0139 °2-0.9762 °20.1056 °2--0.5205 °2
S0.0673 Å °-0.1022 Å °-0.1063 Å °0.0807 Å °-0.115 Å °0.0613 Å °0.103 Å °-0.1717 Å °0.0477 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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