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- PDB-4rlg: The clear crystal structure of pyridoxal-dependent decarboxylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rlg
タイトルThe clear crystal structure of pyridoxal-dependent decarboxylase from sphaerobacter thermophilus dsm 20745
要素Pyridoxal-dependent decarboxylase
キーワードLYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / A/B/A FOLD / CYTOSOLIC
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxy-lyase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #170 / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #170 / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / : / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Pyridoxal-dependent decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The clear crystal structure of pyridoxal-dependent decarboxylase from sphaerobacter thermophilus dsm 20745
著者: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal-dependent decarboxylase
B: Pyridoxal-dependent decarboxylase
D: Pyridoxal-dependent decarboxylase
C: Pyridoxal-dependent decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,90419
ポリマ－215,0884
非ポリマー1,81615
水20,6991149
1
A: Pyridoxal-dependent decarboxylase
B: Pyridoxal-dependent decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3959
ポリマ－107,5442
非ポリマー8517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16430 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area30980 Å2
手法PISA
2
D: Pyridoxal-dependent decarboxylase
C: Pyridoxal-dependent decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,50910
ポリマ－107,5442
非ポリマー9658
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17470 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.320, 124.981, 132.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質
Pyridoxal-dependent decarboxylase


分子量: 53772.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)
株: axon:479434 / 遺伝子: Sthe_2364 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: D1C7D8, glutamate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 1164分子

#2: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2M Potassium Citrate, 20% PEG3350, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 171407 / Num. obs: 162806 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.43 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.617 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→39.699 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 7744 5.03 %
Rwork0.1623 --
obs0.1638 153996 88.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→39.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14415 0 112 1149 15676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02114951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.73220333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1975461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9012-1.92280.2241530.19533044X-RAY DIFFRACTION54
1.9228-1.94540.25571720.19713192X-RAY DIFFRACTION59
1.9454-1.96910.2221550.19023434X-RAY DIFFRACTION61
1.9691-1.9940.2072050.19353504X-RAY DIFFRACTION64
1.994-2.02030.22121880.18093694X-RAY DIFFRACTION67
2.0203-2.0480.22111980.18083865X-RAY DIFFRACTION69
2.048-2.07720.22882470.18813948X-RAY DIFFRACTION73
2.0772-2.10820.22882180.18134116X-RAY DIFFRACTION75
2.1082-2.14120.20362340.17784415X-RAY DIFFRACTION80
2.1412-2.17630.21552520.1744658X-RAY DIFFRACTION84
2.1763-2.21380.20322480.18214902X-RAY DIFFRACTION89
2.2138-2.2540.21822520.18685166X-RAY DIFFRACTION93
2.254-2.29740.22842760.17995250X-RAY DIFFRACTION95
2.2974-2.34430.23422860.18045380X-RAY DIFFRACTION98
2.3443-2.39520.20762950.17025441X-RAY DIFFRACTION98
2.3952-2.4510.21232710.17055404X-RAY DIFFRACTION98
2.451-2.51220.20462800.17125404X-RAY DIFFRACTION98
2.5122-2.58020.19362920.1665498X-RAY DIFFRACTION99
2.5802-2.65610.21093130.16465411X-RAY DIFFRACTION98
2.6561-2.74180.19783100.17015440X-RAY DIFFRACTION99
2.7418-2.83970.19672700.17095486X-RAY DIFFRACTION99
2.8397-2.95340.21632750.17775480X-RAY DIFFRACTION99
2.9534-3.08780.19812840.1745494X-RAY DIFFRACTION99
3.0878-3.25050.19443010.17455493X-RAY DIFFRACTION99
3.2505-3.4540.20183020.16715504X-RAY DIFFRACTION99
3.454-3.72050.16843010.15095474X-RAY DIFFRACTION99
3.7205-4.09460.15492790.13255555X-RAY DIFFRACTION99
4.0946-4.68630.13682940.12795509X-RAY DIFFRACTION99
4.6863-5.90110.1672840.14785571X-RAY DIFFRACTION99
5.9011-39.70810.18273090.15255520X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.6526 Å / Origin y: -2.5106 Å / Origin z: 87.8348 Å
111213212223313233
T0.0922 Å2-0.0114 Å20.015 Å2-0.1372 Å20.0028 Å2--0.1514 Å2
L0.0357 °2-0.0099 °20.1449 °2-0.1371 °2-0.081 °2--0.5612 °2
S0.0093 Å °0.0165 Å °0.0123 Å °0.0331 Å °-0.0053 Å °-0.0109 Å °0.0376 Å °0.0002 Å °-0.0086 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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