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万見
- PDB-4rkk: Structure of a product bound phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkk
タイトルStructure of a product bound phosphatase
要素Laforin
キーワードHYDROLASE / Dual Specificity Phosphatase / Carbohydrate Binding Module / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphatase activity / carbohydrate phosphatase activity / negative regulation of dephosphorylation / glycogen binding / regulation of protein import into nucleus / carbohydrate phosphorylation / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / L-glutamate transmembrane transport / starch binding / habituation ...negative regulation of phosphatase activity / carbohydrate phosphatase activity / negative regulation of dephosphorylation / glycogen binding / regulation of protein import into nucleus / carbohydrate phosphorylation / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / L-glutamate transmembrane transport / starch binding / habituation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glycogen biosynthetic process / dephosphorylation / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of cell cycle / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / regulation of protein ubiquitination / regulation of proteasomal protein catabolic process / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / glial cell proliferation / regulation of protein localization to plasma membrane / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / mitochondrion organization / regulation of cell growth / Wnt signaling pathway / calcium ion transport / carbohydrate binding / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein dimerization activity / negative regulation of gene expression / dendrite / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Laforin, CBM20 domain / Laforin / Laforin-like, dual specificity phosphatase domain / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Carbohydrate-binding-like fold / Dual specificity phosphatase, catalytic domain ...Laforin, CBM20 domain / Laforin / Laforin-like, dual specificity phosphatase domain / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Carbohydrate-binding-like fold / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / alpha-maltotetraose / alpha-maltohexaose / alpha-D-glucopyranose / PHOSPHATE ION / Laforin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vander Kooi, C.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Structural mechanism of laforin function in glycogen dephosphorylation and lafora disease.
著者: Raththagala, M. / Brewer, M.K. / Parker, M.W. / Sherwood, A.R. / Wong, B.K. / Hsu, S. / Bridges, T.M. / Paasch, B.C. / Hellman, L.M. / Husodo, S. / Meekins, D.A. / Taylor, A.O. / Turner, B.D. ...著者: Raththagala, M. / Brewer, M.K. / Parker, M.W. / Sherwood, A.R. / Wong, B.K. / Hsu, S. / Bridges, T.M. / Paasch, B.C. / Hellman, L.M. / Husodo, S. / Meekins, D.A. / Taylor, A.O. / Turner, B.D. / Auger, K.D. / Dukhande, V.V. / Chakravarthy, S. / Sanz, P. / Woods, V.L. / Li, S. / Vander Kooi, C.W. / Gentry, M.S.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laforin
C: Laforin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,73312
ポリマ－74,5352
非ポリマー5,19810
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint44 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.706, 78.706, 321.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Laforin / Glucan phosphatase / Lafora PTPase / LAFPTPase


分子量: 37267.480 Da / 分子数: 2 / 変異: C266S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPM2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95278, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase

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糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltohexaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltohexaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 146分子

#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.3463.13
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5250 mM maltohexaose, 0.19 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate, 25.5% PEG3350, 15% Glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5250 mM maltohexaose, 0.17 M Sodium Acetate, 0.08 M Sodium Citrate, 25.5% PEG4000, 15% Glycerol, 30 mM Sodium Tungstate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
22
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11.0000, 1.2148
2
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2013年6月7日
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.21481
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 37585 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.8.2モデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 12.026 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21053 3582 9.6 %RANDOM
Rwork0.16634 ---
obs0.17055 33896 91.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5022 0 345 144 5511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5432.0127571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.952311566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6375630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4322.846246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38815825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3856.3722526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3876.3692525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.00111.9113151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other511.9163152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2358.1453016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2348.1483017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.65514.8084420
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.31138.396040
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.31638.2535992
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 253 -
Rwork0.244 2408 -
obs--90.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1409-0.9442-0.55651.6434-0.0191.4378-0.0811-0.05090.12220.16540.16130.0178-0.3132-0.2079-0.08020.19930.1038-0.01110.0683-0.0080.031247.45775.316137.657
21.7888-1.02060.68961.8298-0.34431.4029-0.1493-0.0683-0.13840.12340.18730.02580.12080.1131-0.03790.12890.0730.05470.05630.02060.04866.84433.966139.893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2C-2 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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