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万見
- PDB-4rkg: Structure of the MSL2 CXC domain bound with a non-specific (GC)6 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkg
タイトルStructure of the MSL2 CXC domain bound with a non-specific (GC)6 DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
  • E3 ubiquitin-protein ligase msl-2
キーワードDNA binding protein/DNA / Zinc cluster / DNA binding domain / Dosage compensation / DNA binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dosage compensation complex / histone H2B ubiquitin ligase activity / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / HATs acetylate histones / protein-RNA adaptor activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / chromatin-protein adaptor activity / lncRNA binding ...dosage compensation complex / histone H2B ubiquitin ligase activity / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / HATs acetylate histones / protein-RNA adaptor activity / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / chromatin-protein adaptor activity / lncRNA binding / nuclear chromosome / X chromosome / transcription factor binding / protein autoubiquitination / molecular condensate scaffold activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / chromosome / protein ubiquitination / chromatin binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, zinc RING finger / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, CXC domain / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / CXC domain of E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / zinc RING finger of MSL2 / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, zinc RING finger / E3 ubiquitin-protein ligase Msl2, CXC domain / E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / CXC domain of E3 ubiquitin-protein ligase MSL2 / zinc RING finger of MSL2 / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase msl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zheng, S. / Ye, K.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of X chromosome DNA recognition by the MSL2 CXC domain during Drosophila dosage compensation.
著者: Zheng, S. / Villa, R. / Wang, J. / Feng, Y. / Wang, J. / Becker, P.B. / Ye, K.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase msl-2
B: E3 ubiquitin-protein ligase msl-2
H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,22413
ポリマ－18,6364
非ポリマー5899
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.705, 75.251, 77.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase msl-2 / Protein male-specific lethal-2


分子量: 5652.500 Da / 分子数: 2 / 断片: CXC domain (UNP RESIDUES 520-570) / 変異: C560G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3241, msl-2, MSL2 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: P50534, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3665.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-Na (pH 7.5), 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 8732 / Num. obs: 8584 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Num. unique all: 416 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→18.015 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3149 406 4.77 %RANDOM
Rwork0.2265 ---
all0.2306 8648 --
obs0.2306 8510 98.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→18.015 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数615 486 9 0 1110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0531670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.875473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006131
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.69240.3854890.3337158799
2.6924-2.96230.3529780.29931611100
2.9623-3.38850.3632820.2569158897
3.3885-4.25980.3672810.22511641100
4.2598-18.01560.26760.1987167796
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.3669 Å / Origin y: 0.2768 Å / Origin z: 18.9614 Å
111213212223313233
T0.5916 Å2-0.0366 Å20.0123 Å2-0.6217 Å2-0.099 Å2--0.5698 Å2
L2.3185 °2-0.0199 °2-1.483 °2-3.7476 °22.0312 °2--4.0102 °2
S0.0033 Å °-0.3163 Å °0.2756 Å °0.3565 Å °-0.2664 Å °0.583 Å °0.1285 Å °0.2669 Å °0.1835 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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