PDB-4rj2: Crystal structure of E.coli purine nucleoside phosphorylase at 0....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rj2

タイトル

Crystal structure of E.coli purine nucleoside phosphorylase at 0.99 A resolution

要素

Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylase

機能・相同性

Nucleoside phosphorylase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.99 Å

データ登録者

Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of E.coli purine nucleoside phosphorylase at 0.99 A resolution
著者: Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.

履歴

登録	2014年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal_grow / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rj2.cif.gz	575.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rj2.ent.gz	478.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pr6-1 1ov6-1 3ooe-d 1pr2-1 1vhw-d 3onv-1 4ts9-1 3uay-1 1ovg-1 5iu6-1 3ooh-1 4ts3-d 4ttj-1 1pk7-1 4dar-1 1ecp-d 1oum-1 5i3c-1 3ooh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

D: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

E: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

F: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type

ヘテロ分子

155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.120, 110.220, 88.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP 分子量: 25721.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: deoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0QGF5, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	手法: counter-diffusion / 詳細: COUNTER DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.99→20 Å / Num. obs: 718472 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 3.71 % / R_merge(I) obs: 0.1
反射シェル	解像度: 0.99→1.04 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique all: 104431 / % possible all: 98.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.99→16.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18866	35993	5 %	RANDOM
R_work	0.17558	-	-	-
obs	0.17623	682425	98.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-0.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.99→16.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10758	0	36	949	11743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	11509
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	11218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.432	1.963	15565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.716	3	25819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.359	5	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.692	23.594	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.662	15	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.545	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.257	0.2	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	13.776	3	22727
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.591	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.025	5	23226

LS精密化シェル

解像度: 0.99→1.016 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	2590	-
R_work	0.329	50114	-
obs	-	-	97.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2598	-0.2024	0.0585	0.1866	0.0355	0.2806	-0.0164	-0.0425	0.0183	0.0255	0.0282	-0.0263	0.0125	-0.012	-0.0118	0.0501	-0.006	-0.0195	0.0152	-0.0029	0.0264	13.385	-4.495	58.55
2	0.3122	-0.1463	-0.1211	0.2296	0.1215	0.4222	0.0495	0.0905	-0.0008	-0.0674	-0.0641	-0.0284	-0.0362	-0.0268	0.0146	0.0601	0.0479	0.0071	0.0562	0.0141	0.0381	16.907	-9.223	8.809
3	0.2789	-0.2035	-0.0572	0.1749	0.0298	0.1952	0.0392	0.0199	0.0147	-0.0283	-0.0262	0.0063	-0.0158	0.0037	-0.0129	0.0463	0.0079	-0.0027	0.0109	-0.0066	0.0318	-21.044	16.444	28.929
4	0.2488	-0.2064	-0.0304	0.2447	0.0252	0.1253	0.0065	0.005	-0.0008	-0.0023	-0.0178	-0.0317	0.0101	-0.0029	0.0113	0.0384	0.0067	-0.0067	0.0053	0.0076	0.0508	25.629	-16.825	36.562
5	0.3135	-0.2057	-0.0386	0.1678	0.0261	0.1842	-0.0121	-0.0447	0.0061	0.0184	0.0114	0.0149	0.0089	0.0015	0.0006	0.0431	-0.0067	0.0016	0.0212	-0.0121	0.0244	-12.976	9.301	54.977
6	0.2179	-0.1821	0.0048	0.2068	0.0332	0.4145	0.0736	0.06	-0.006	-0.0633	-0.0496	-0.0052	0.034	0.0139	-0.024	0.0668	0.0456	-0.0058	0.0504	-0.0025	0.0037	-7.793	3.646	5.434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 237
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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