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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rj2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli purine nucleoside phosphorylase at 0.99 A resolution | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | Nucleoside phosphorylase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å | ||||||
データ登録者 | Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of E.coli purine nucleoside phosphorylase at 0.99 A resolution 著者: Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rj2.cif.gz | 575.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rj2.ent.gz | 478.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rj2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rj2_validation.pdf.gz | 488.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rj2_full_validation.pdf.gz | 521 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rj2_validation.xml.gz | 63.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rj2_validation.cif.gz | 90 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rj2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25721.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: deoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0QGF5, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 % |
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結晶化 | 手法: counter-diffusion / 詳細: COUNTER DIFFUSION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.99→20 Å / Num. obs: 718472 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 0.99→1.04 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique all: 104431 / % possible all: 98.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.99→16.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.135 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.99→16.28 Å
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拘束条件 |
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