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- PDB-4rgo: Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgo
タイトルStructure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizing antibody 14G8
要素
  • 14G8 heavy chain
  • 14G8 light chain
  • Enterotoxin type B
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / Staphylococcal enterotoxin B / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Enterotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Franklin, M.C. / Dutta, K. / Varshney, A.K. / Goger, M.J. / Fries, B.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mechanisms mediating enhanced neutralization efficacy of staphylococcal enterotoxin B by combinations of monoclonal antibodies.
著者: Dutta, K. / Varshney, A.K. / Franklin, M.C. / Goger, M. / Wang, X. / Fries, B.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Generation, characterization, and epitope mapping of neutralizing and protective monoclonal antibodies against staphylococcal enterotoxin B-induced lethal shock.
著者: Varshney, A.K. / Wang, X. / Cook, E. / Dutta, K. / Scharff, M.D. / Goger, M.J. / Fries, B.C.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Enterotoxin type B
H: 14G8 heavy chain
L: 14G8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4084
ポリマ－76,3493
非ポリマー591
水16,358908
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.576, 85.292, 115.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The pharmacologically relevant complex contains one 14G8 Fab and one SEB monomer. There is one such complex in the asymmetric unit of the crystal.

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要素

#1: タンパク質 Enterotoxin type B / SEB / Staphylococcal enterotoxin B


分子量: 28975.607 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-266 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: entB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01552
#2: 抗体 14G8 heavy chain


分子量: 23783.713 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma
#3: 抗体 14G8 light chain


分子量: 23589.906 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 80 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 16% w/v PEG8000, 160 mM magnesium acetate, 20% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 77677 / Num. obs: 77133 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1SE4, 3FFD, AND 3D9A

1se4

3ffd

3d9a


解像度: 1.8→42.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.901 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18903 3830 5 %RANDOM
Rwork0.14195 ---
obs0.14433 76413 98.41 %-
all-77647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 4 908 6052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9557256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83538801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.224.304237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24515898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.851523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9741.53272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2971.51321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61925325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74632062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0554.51919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.12738932
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 267 -
Rwork0.272 4877 -
obs--90.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22290.69560.59522.95361.07661.79790.02920.1154-0.1196-0.13550.0544-0.0931-0.02180.1416-0.08350.02150.016-0.01440.07730.00370.0686-22.321766.2113-68.8028
22.68481.04141.00552.68761.21023.10620.0168-0.00620.0763-0.09550.0254-0.1354-0.12290.0613-0.04220.0469-0.01280.02180.01030.00460.0353-6.415987.4317-41.4509
31.71750.1862-0.28685.7872-2.61673.99-0.099-0.0387-0.09910.0338-0.0705-0.32260.29990.57780.16950.12730.07330.00530.243-0.03650.13466.716480.1356-14.2871
41.79630.43380.32931.9096-1.07945.26940.0485-0.1391-0.17550.2059-0.04160.13280.3295-0.4828-0.00690.1129-0.09670.02280.1458-0.02650.0608-22.651575.8589-32.8821
52.28751.34910.75053.02210.96244.20130.0294-0.2817-0.00380.17820.0064-0.11720.21810.2226-0.03580.10590.0497-0.00580.12040.00770.0808-4.431681.0903-1.6365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1S2 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3H120 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4L1 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5L108 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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