+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rfo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the ADCC-Potent Antibody N60-I3 Fab in complex with HIV-1 Clade A/E gp120 and M48u1 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 GP120 / CLADE A/E 93TH057 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cocrystal Structures of Antibody N60-i3 and Antibody JR4 in Complex with gp120 Define More Cluster A Epitopes Involved in Effective Antibody-Dependent Effector Function against HIV-1. 著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A. ...著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A.L. / Ray, K. / Lewis, G.K. / Pazgier, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 332.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 271.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#3: 抗体 | 分子量: 24412.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: FAB HEAVY CHAIN OF ADCC-POTENT ANTI-HIV-1 ANTIBODY N60-i3 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: ![]() |
---|---|
#4: 抗体 | 分子量: 23342.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: FAB LIGHT CHAIN OF ADCC-POTENT ANTI-HIV-1 ANTIBODY N60-i3 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: ![]() |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 4種, 12分子 GN![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HIV-1 env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | | ||
#5: 糖 | ChemComp-NAG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEI |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10-16% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 65 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月31日 / 詳細: RH coated flat mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12709 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 18694 / Num. obs: 17516 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.899 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 96 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3TNN FOR N60-I3, PDB ENTRY 4H8W FOR GP120, PDB ENTRY 4JZW FOR M48U1 解像度: 3.2→36.013 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 73.662 / SU ML: 0.543 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 116.914 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.013 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|