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- PDB-4rfo: Crystal structure of the ADCC-Potent Antibody N60-I3 Fab in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfo
タイトルCrystal structure of the ADCC-Potent Antibody N60-I3 Fab in complex with HIV-1 Clade A/E gp120 and M48u1
要素
  • HIV-1 clade A/E gp120
  • N60-i3 Fab heavy chain
  • N60-i3 Fab light chain
  • m48u1 CD4 mimetic peptide
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 GP120 / CLADE A/E 93TH057 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Cocrystal Structures of Antibody N60-i3 and Antibody JR4 in Complex with gp120 Define More Cluster A Epitopes Involved in Effective Antibody-Dependent Effector Function against HIV-1.
著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A. ...著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A.L. / Ray, K. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2014年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: HIV-1 clade A/E gp120
N: m48u1 CD4 mimetic peptide
H: N60-i3 Fab heavy chain
L: N60-i3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,96313
ポリマ－89,9724
非ポリマー1,9919
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.305, 102.575, 108.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 N60-i3 Fab heavy chain


分子量: 24412.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FAB HEAVY CHAIN OF ADCC-POTENT ANTI-HIV-1 ANTIBODY N60-i3
細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 N60-i3 Fab light chain


分子量: 23342.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FAB LIGHT CHAIN OF ADCC-POTENT ANTI-HIV-1 ANTIBODY N60-i3
細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 4種, 12分子 GN

#1: タンパク質 HIV-1 clade A/E gp120


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド m48u1 CD4 mimetic peptide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 3056.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: M48U1 is an engineered CD4 mimetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD, FOLLOWED BY MANY ROUNDS OF ITERATIVE OPTIMIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10-16% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 65 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月31日 / 詳細: RH coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 18694 / Num. obs: 17516 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.899 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073/Phenix 1.9精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TNN FOR N60-I3, PDB ENTRY 4H8W FOR GP120, PDB ENTRY 4JZW FOR M48U1

3tnn

4h8w

4jzw


解像度: 3.2→36.013 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 73.662 / SU ML: 0.543 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27702 876 5 %RANDOM
Rwork0.21981 ---
obs0.2226 16589 93.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 116.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å2-0 Å2
2---8.03 Å2-0 Å2
3---7.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 126 1 6169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9698547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.836313494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8345762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93625.143245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.34151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5571518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8136.3943147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8136.3943146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1019.6013863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0729.5153912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2266.6243181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9716.5763190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3049.8194716
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.91660.47625361
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.91660.47925362
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 65 -
Rwork0.35 1214 -
obs--95.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31470.33020.14064.64681.59854.89510.1678-0.36990.44810.6416-0.29610.4217-0.3286-0.41490.12820.2384-0.04130.11910.236-0.00740.156112.7138113.3152112.9531
25.45596.46124.15987.87534.74133.32890.2419-0.198-0.5120.3036-0.1058-0.89810.165-0.2308-0.13610.4404-0.06760.01270.213-0.10990.453626.1465130.5376116.8838
31.8028-1.0647-2.50412.64112.62985.2389-0.31560.5931-0.5191-0.28460.02280.11630.6361-0.00040.29290.39930.0084-0.0310.7158-0.32340.287722.767289.735266.1348
40.9053-0.941-1.69732.8392.82655.35370.34650.52910.0039-1.2192-0.0888-0.5278-1.06680.339-0.25770.8009-0.01330.09831.1627-0.0640.229532.6221103.073758.8227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G44 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2N2 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4L1 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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