PDB-4rfa: Crystal structure of cyclic nucleotide-binding domain containing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rfa

タイトル

Crystal structure of cyclic nucleotide-binding domain containing protein from Listeria monocytogenes EGD-e

要素

Lmo0740 protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Crp

機能・相同性

Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Lmo0740 protein

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cyclic nucleotide-binding domain containing protein from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rfa.cif.gz	103.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rfa.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4a2u-3 6dwm-2 3qop-d 5a5i-d 3ryr-d 6gq3-1 5cyz-d 4r8h-d 3n94-d 3iwz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC106831

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo0740 protein

26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lmo0740 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.987, 91.987, 144.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-319- HOH

#1: タンパク質	Lmo0740 protein 分子量: 26715.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo0740 / プラスミド: pMCSG87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q8Y902
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.0 M tri-Sodium Citrate, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 18733 / Num. obs: 18733 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 34.9
反射シェル	解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 21.8 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.21→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 10.823 / SU ML: 0.132 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24253	920	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20607	-	-	-
obs	0.20792	17762	99.71 %	-
all	-	17762	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.73 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1736	0	0	45	1781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	1.997	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.832	3	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.733	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.389	25	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.973	15	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.645	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.22	4.438	864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.221	4.434	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.704	6.628	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.702	6.634	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.968	4.978	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.968	4.969	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.041	7.289	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.98	36.715	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.971	36.649	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.209→2.266 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	77	-
R_work	0.282	1245	-
obs	-	-	98.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4581	-2.7555	0.4537	2.8568	-1.6764	1.4795	0.0813	-0.2671	0.0869	-0.4101	0.0404	0.0951	0.2914	-0.1601	-0.1217	0.1722	0.0648	-0.0765	0.3093	0.0086	0.0463	19.4707	35.3752	-4.031
2	6.1047	-0.1159	2.1617	2.3639	-0.8583	1.7167	0.0052	0.103	0.3594	-0.4591	-0.0964	-0.0872	-0.0349	-0.0746	0.0912	0.1685	0.0526	0.0374	0.0609	0.011	0.0358	35.6169	31.6781	-1.4753
3	1.6206	-1.1117	1.3418	2.7523	-2.5827	3.9602	0.0847	-0.2825	0.3048	-0.4119	-0.138	0.0538	-0.1812	-0.4029	0.0533	0.2888	0.1623	-0.0581	0.3803	-0.0732	0.2098	25.3782	36.917	1.5297
4	11.3825	-3.6248	1.3662	2.4599	0.3892	1.1042	-0.2277	-0.0118	0.206	0.1287	0.0598	0.083	0.0134	-0.1669	0.1679	0.1268	-0.0072	-0.0278	0.1465	0.0158	0.0956	30.1024	30.0477	12.4413
5	2.1873	-1.0283	0.5726	5.513	-0.9528	3.6765	0.0364	-0.1855	-0.4442	-0.422	0.2206	0.3531	0.441	-0.1946	-0.257	0.1975	-0.0116	-0.0806	0.031	0.0325	0.1281	39.186	11.6176	4.4268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	141 - 218

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