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- PDB-4ret: Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-digoxin complex with bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ret
タイトルCrystal structure of the Na,K-ATPase E2P-digoxin complex with bound magnesium
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / alpha-helical transmembrane protein / ATPase / sodium ion transport / potassium ion transport / ATP binding / sodium binding / potassium binding / receptor for cardiotonic steroids / phosphorylation / glycosylation / plasma membrane / multisubunit complex / trimeric complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex ...Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of calcium ion transmembrane transport / ion channel regulator activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / lateral plasma membrane / intercalated disc / sperm flagellum / transporter activator activity / ATP metabolic process / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / melanosome / regulation of gene expression / ATPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / axon / innate immune response / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na, k-atpase alpha subunit. / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A ...Na, k-atpase alpha subunit. / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-17F / CHOLESTEROL / DIGOXIN / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Gregersen, J.L. / Laursen, M. / Yatime, L. / Nissen, P. / Fedosova, N.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structures and characterization of digoxin- and bufalin-bound Na+,K+-ATPase compared with the ouabain-bound complex.
著者: Laursen, M. / Gregersen, J.L. / Yatime, L. / Nissen, P. / Fedosova, N.U.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,96428
ポリマ－310,3526
非ポリマー7,61222
水1086
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,49816
ポリマ－155,1763
非ポリマー5,32113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area58970 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,46712
ポリマ－155,1763
非ポリマー2,2919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10240 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area59360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.240, 118.350, 494.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 21:80 or resseq 155:275)
211chain C and (resseq 21:80 or resseq 155:275)
112chain A and (resseq 349:376 or resseq 589:746 or resid 1101:1102)
212chain C and (resseq 349:376 or resseq 589:746 or resid 2001:2002)
113chain A and resseq 377:588
213chain C and resseq 377:588
114chain A and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq...
214chain C and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq...
115chain B and resseq 63:303
215chain D and resseq 63:303

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112877.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Na(+) / K)(+)-ATPase beta-1 subunit / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 35204.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GE

#3: タンパク質 Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a / Na(+) / K)(+)-ATPase gamma subunit


分子量: 7094.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79

-
糖 , 3種, 7分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物 ChemComp-DGX / DIGOXIN / ジゴキシン


分子量: 780.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H64O14 / コメント: 薬剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-17F / O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine / ジオレオイルホスファチジルセリン


分子量: 788.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H78NO10P / コメント: リン脂質*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.92 %
解説: Rmeas = 0.082 (0.98 for highest resolution shell), CC-1/2 = 99.8 (62.0 for highest resolution shell)
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 16% PEG2000 MME, 10% glycerol, 200 mM magnesium chloride, 100 mM MES-NMDG, pH 6.2, 25 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.89→50 Å / Num. all: 64928 / Num. obs: 44534 / % possible obs: 68.6 % / Observed criterion σ(F): 1.76 / Observed criterion σ(I): 1.76 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 149.72 Å2 / Net I/σ(I): 11.08
反射 シェル解像度: 3.89→3.99 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / % possible all: 3.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
XDSデータ削減
Diffractionanisotropy serverデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HYT

4hyt


解像度: 4→49.409 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 2144 4.98 %
Rwork0.2213 --
obs0.2229 43077 72.21 %
all-43077 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→49.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20704 0 413 6 21123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12829319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3357950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043708
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
21A1353X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1353X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.077
31A1668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
41A3978X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42C3978X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
51B1977X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52D1977X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0003-4.09330.3431190.3009404X-RAY DIFFRACTION11
4.0933-4.19560.3751360.2867703X-RAY DIFFRACTION19
4.1956-4.3090.3545490.27561197X-RAY DIFFRACTION32
4.309-4.43570.2982820.25841665X-RAY DIFFRACTION45
4.4357-4.57880.30341130.25382101X-RAY DIFFRACTION56
4.5788-4.74230.26931380.23712502X-RAY DIFFRACTION67
4.7423-4.9320.26061500.24242884X-RAY DIFFRACTION77
4.932-5.15630.27051840.24363269X-RAY DIFFRACTION88
5.1563-5.42780.30051710.2433645X-RAY DIFFRACTION96
5.4278-5.76740.28321850.25113632X-RAY DIFFRACTION96
5.7674-6.21190.3022150.24443665X-RAY DIFFRACTION97
6.2119-6.83560.26631950.21833681X-RAY DIFFRACTION98
6.8356-7.82130.23521890.19833778X-RAY DIFFRACTION98
7.8213-9.84120.20042010.16683860X-RAY DIFFRACTION99
9.8412-49.41270.23272170.22613947X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29870.4214-1.32881.1612-0.40211.9468-0.2408-0.19890.48260.18010.04390.0614-0.26230.44760.00011.42180.02960.11652.3536-0.0141.494.4966-18.26789.0615
21.23411.04320.78421.791-0.48062.28750.40850.48940.3607-0.5529-0.03910.3888-0.3487-0.12090.00071.08120.27410.11661.7945-0.01811.8615-21.9159-26.840214.0794
32.9989-0.2926-1.90275.03982.17662.0260.13221.9872-1.1826-1.84350.3942-1.49810.0513-0.05070.00152.13810.11770.66423.2829-0.55292.5335-4.7846-50.0498-8.854
41.82670.0965-1.08472.11590.53993.42070.04480.11470.15050.6091-0.08560.1875-0.08460.33850.00021.33220.0730.34611.4199-0.07371.4495-31.741-31.637958.6963
53.3571.43670.96292.7571-0.7480.89740.1805-1.73440.13331.0588-0.4755-0.13980.3218-0.5774-0.00022.4277-0.29050.42962.8152-0.451.6026-31.7373-28.3524106.4592
60.9147-0.89370.43892.03020.08961.9034-0.45930.1664-0.06120.2688-0.1940.20910.6924-0.249-0.00042.6432-0.01160.3431.81650.05442.2058-45.6106-106.0568114.6397
72.37410.23020.93062.9497-1.33851.0673-0.0422-0.23660.28640.6347-0.00440.5220.0935-0.1952-0.00012.4876-0.27860.24631.5546-0.04031.6045-54.1264-79.8605107.913
81.5524-0.36481.84880.1898-0.35291.9698-0.525-1.38690.74490.283-0.2799-0.93650.2033-1.3408-03.77710.2648-0.46323.3764-0.13562.7792-27.2761-78.8657133.4225
90.88990.61860.93813.1938-0.52543.8087-0.0006-0.0835-0.22390.308-0.04450.29230.9081-0.2948-01.8520.01970.26351.3636-0.06461.5378-52.8988-71.271762.8357
101.71570.64030.12763.6458-0.00643.66540.22830.3992-0.3342-0.1563-0.06470.22521.4952-0.3348-0.00012.2866-0.1382-0.29652.0212-0.10982.0278-52.5002-74.572915.064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 21:80 or resseq 155:275)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 349:376 or resseq 589:746 or resid 1101:1102)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 377:588
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016 or resseq 1103 or resseq 1201:1203) or chain B and resseq 14:62 or chain G and resseq 17:48
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resseq 63:303 or resseq 1001:1004)
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resseq 21:80 or resseq 155:275)
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resseq 349:376 or resseq 589:746 or resid 2001:2002)
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and resseq 377:588
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq 747:1016 or resseq 2003 or resseq 2101:2103) or chain D and resseq 16:62 or chain E and resseq 17:41
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resseq 63:303 or resseq 2001:2003)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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