[日本語] English
万見
- PDB-4res: Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-bufalin complex with bou... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4res
タイトルCrystal structure of the Na,K-ATPase E2P-bufalin complex with bound potassium
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / alpha-helical transmembrane protein / ATPase / sodium ion transport / potassium ion transport / ATP binding / sodium binding / potassium binding / receptor for cardiotonic steroids / phosphorylation / glycosylation / plasma membrane / multisubunit complex / trimeric complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding ...Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / regulation of sodium ion transport / proton transmembrane transport / transmembrane transport / sarcolemma / melanosome / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / cell adhesion / apical plasma membrane / axon / innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na, k-atpase alpha subunit. / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A ...Na, k-atpase alpha subunit. / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-17F / bufalin / CHOLESTEROL / : / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.408 Å
データ登録者Laursen, M. / Yatime, L. / Gregersen, J.L. / Nissen, P. / Fedosova, N.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structures and characterization of digoxin- and bufalin-bound Na+,K+-ATPase compared with the ouabain-bound complex.
著者: Laursen, M. / Gregersen, J.L. / Yatime, L. / Nissen, P. / Fedosova, N.U.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年1月28日ID: 3N2F
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,30023
ポリマ－310,3526
非ポリマー3,94817
水00
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,10011
ポリマ－155,1763
非ポリマー1,9248
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area57020 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,20012
ポリマ－155,1763
非ポリマー2,0249
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area56740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.910, 240.270, 152.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 21:80 or resseq 155:275)
211chain C and (resseq 21:80 or resseq 155:275)
112chain A and (resseq 349:376 or resseq 589:746 or resseq 3003:3004)
212chain C and (resseq 349:376 or resseq 589:746 or resseq 3003:3004)
113chain A and resseq 377:588
213chain C and resseq 377:588
114chain A and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq...
214chain C and (resseq 81:154 or resseq 276:348 or resseq...
115chain B and (resseq 63:90 or resseq 92:303)
215chain D and (resseq 63:90 or resseq 92:303)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112877.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Na(+) / K)(+)-ATPase beta-1 subunit / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 35204.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GE

#3: タンパク質 Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a / Na(+) / K)(+)-ATPase gamma subunit


分子量: 7094.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79

-
糖 , 3種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 13分子

#6: 化合物 ChemComp-BUF / bufalin / ブファリン


分子量: 386.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H34O4 / コメント: 毒素*YM
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-17F / O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine / ジオレオイルホスファチジルセリン


分子量: 788.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H78NO10P / コメント: リン脂質*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
解説: Rmeas = 0.133 (0.866 for highest resolution shell), CC-1/2 = 99.9 (75.0 for highest resolution shell)
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 17% PEG2000 MME, 10% glycerol, 220 mM magnesium chloride, 100 mM potassium chloride, 100 mM MES-KOH, pH 6.2, 5% MPD, 6% Jeffamine M-600, 0.02% beta-DDM, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年10月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.408→55 Å / Num. all: 63228 / Num. obs: 31754 / % possible obs: 50.2 % / Observed criterion σ(F): 2.24 / Observed criterion σ(I): 2.24 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 80.97 Å2 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.408→3.5 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 1.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
Diffractionanisotropy serverデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HYT

4hyt


解像度: 3.408→49.903 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2882 1623 5.14 %RANDOM
Rwork0.2447 ---
obs0.247 31546 49.94 %-
all-31546 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.408→49.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20654 0 227 0 20881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01121367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22528967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0717903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0763287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053690
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
21A1353X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1353X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
31A1668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
41A4006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42C4006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
51B1966X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52D1966X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.408-3.50820.322740.418483832
3.5082-3.62140.6606160.39282742746
3.6214-3.75080.3951220.38350950910
3.7508-3.90090.3017380.330882082016
3.9009-4.07840.3128560.3111261126125
4.0784-4.29330.34751180.26181957195740
4.2933-4.56210.32611440.23852669266954
4.5621-4.91410.29751870.22053364336467
4.9141-5.40810.29092300.2234162416283
5.4081-6.18940.30042670.26224870487098
6.1894-7.79320.27522770.27434933493399
7.7932-49.90860.25552640.22235021502199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37180.22341.82842.17221.12481.5586-0.29520.1352-0.4920.45280.303-0.51481.44490.7572-0.02221.4520.4319-0.26611.47810.27141.109133.262212.523960.1103
21.16290.4253-1.28541.8010.07531.07210.05170.67141.0256-0.6230.2311-0.2706-0.84790.0426-0.00251.71130.0530.28081.48890.26481.215133.020296.382-57.2309
32.1129-0.07941.96052.2869-1.1752.8763-0.2932-0.95330.22250.88970.44710.3777-0.5377-0.92720.00070.83660.0375-0.06080.9994-0.01190.998813.332330.868852.1107
42.28561.162-1.82251.2356-0.57631.5634-0.57350.5986-0.3536-0.72470.56930.04350.0134-0.6758-0.00020.96290.01360.0591.15510.15110.904212.999978.1135-49.1655
51.5825-0.8372-0.58614.0081-0.2041.12290.40670.14530.3138-0.0899-0.4077-0.2341-0.94451.0051-0.00031.46290.1202-0.14951.67610.02020.894937.701543.350675.7429
61.8551.11640.06472.72521.04141.51650.19920.3309-0.40710.20220.0561-0.35330.23570.4301-0.00041.83490.01320.11851.8022-0.02651.125537.267865.6037-72.8522
70.68640.49570.43522.77710.67263.24640.1358-0.2202-0.1442-0.05220.0603-0.00250.3181-0.08550.00560.25480.1592-0.0910.5298-0.00790.69317.757633.19076.3696
80.1665-0.2247-0.3682.08230.74183.56520.11160.07360.05740.0694-0.0304-0.0066-0.6053-0.1972-0.00830.2523-0.05890.1040.5980.00610.80667.830275.7817-3.3882
92.3472-0.47060.09522.88831.44924.272-0.06960.28020.0814-0.6605-0.08510.04850.5667-0.02530.00131.3106-0.2063-0.27880.6944-0.07640.81116.117323.538-39.6726
103.25960.4231-0.79052.9714-1.03983.2218-0.1536-0.5231-0.00210.56940.0011-0.2626-0.420.29260.00031.28230.06360.13680.8476-0.11060.79136.530985.516542.8461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:80 OR RESID 155:275 ) )A21 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 21:80 OR RESID 155:275 ) )A155 - 275
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 21:80 OR RESID 155:275 ) )C21 - 80
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 21:80 OR RESID 155:275 ) )C155 - 275
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 349:376 OR RESID 589:746 OR RESID 2005:2006 ) )A349 - 376
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 349:376 OR RESID 589:746 OR RESID 2005:2006 ) )A589 - 746
7X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 349:376 OR RESID 589:746 OR RESID 2005:2006 ) )A2005 - 2006
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND ( RESID 349:376 OR RESID 589:746 OR RESID 1106:1107 ) )C349 - 376
9X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND ( RESID 349:376 OR RESID 589:746 OR RESID 1106:1107 ) )C589 - 746
10X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND ( RESID 349:376 OR RESID 589:746 OR RESID 1106:1107 ) )C1106 - 1107
11X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 377:588 )A377 - 588
12X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 377:588 )C377 - 588
13X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )A81 - 154
14X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )A276 - 348
15X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )A747 - 1016
16X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )A2001 - 2002
17X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )A2003 - 2004
18X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )C1101
19X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )B16 - 62
20X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )G17 - 48
21X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 2001:2002 OR RESID 2003:2004 ) ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1101 ) OR ( CHAIN B AND RESID 16:62 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 17:48 OR RESID 1001:1001 ) )G1001
22X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )C81 - 154
23X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )C276 - 348
24X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )C747 - 1016
25X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )C1102 - 1103
26X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )C1104 - 1105
27X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )E101
28X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )E17 - 48
29X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 81:154 OR RESID 276:348 OR RESID 747:1016 OR RESID 1102:1103 OR RESID 1104:1105 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 101:101 OR RESID 17:48 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 19:62 )D19 - 62
30X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND ( RESID 63:303 OR RESID 1001:1001 ) )B63 - 303
31X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND ( RESID 63:303 OR RESID 1001:1001 ) )B1001
32X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND ( RESID 63:303 OR RESID 1001:1002 ) )D63 - 303
33X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND ( RESID 63:303 OR RESID 1001:1002 ) )D1001 - 1002

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る