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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rek
タイトルCrystal structure and charge density studies of cholesterol oxidase from Brevibacterium sterolicum at 0.74 ultra-high resolution
要素Cholesterol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidase / FAD Binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain ...Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Cholesterol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.74 Å
データ登録者Zarychta, B. / Lyubimov, A. / Ahmed, M. / Munshi, P. / Guillot, B. / Vrielink, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Cholesterol oxidase: ultrahigh-resolution crystal structure and multipolar atom model-based analysis.
著者: Zarychta, B. / Lyubimov, A. / Ahmed, M. / Munshi, P. / Guillot, B. / Vrielink, A. / Jelsch, C.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesterol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4063
ポリマ－54,5251
非ポリマー8812
水16,159897
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.240, 72.920, 63.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cholesterol oxidase / CHOD / Cholesterol isomerase


分子量: 54525.277 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 64-544 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: SA-COO / 遺伝子: choA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12676, cholesterol oxidase, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: The crystallization solution was composed of 9-11% poly(ethylene glycol) (PEG) MW 8000, 75mM MnSO4 and 100mM sodium cacodylate buffer., pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.828 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.828 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.74→44.477 Å / Num. all: 465329 / Num. obs: 465329 / % possible obs: 78.78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
d*TREKデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N4U

1n4u


解像度: 0.74→44.477 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1231 23391 5.03 %RANDOM
Rwork0.1127 ---
all0.1132 465329 --
obs0.1132 465329 78.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.74→44.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 58 897 4789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1731666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.7405-0.74890.5356440.49892X-RAY DIFFRACTION5
0.7489-0.75770.3562960.37272162X-RAY DIFFRACTION12
0.7577-0.76690.31451320.32412650X-RAY DIFFRACTION14
0.7669-0.77670.31861400.31732841X-RAY DIFFRACTION15
0.7767-0.78690.28832520.285036X-RAY DIFFRACTION27
0.7869-0.79770.30943600.27626695X-RAY DIFFRACTION36
0.7977-0.80910.27775130.26278758X-RAY DIFFRACTION47
0.8091-0.82110.26676260.25111235X-RAY DIFFRACTION61
0.8211-0.8340.24337010.23214005X-RAY DIFFRACTION75
0.834-0.84760.22758270.218615803X-RAY DIFFRACTION85
0.8476-0.86230.22899740.203417474X-RAY DIFFRACTION94
0.8623-0.87790.19299530.18218519X-RAY DIFFRACTION99
0.8779-0.89480.17349620.169918506X-RAY DIFFRACTION99
0.8948-0.91310.15829310.155618731X-RAY DIFFRACTION100
0.9131-0.93290.15619820.14918686X-RAY DIFFRACTION100
0.9329-0.95460.148510050.139718639X-RAY DIFFRACTION100
0.9546-0.97850.138610240.125318606X-RAY DIFFRACTION100
0.9785-1.0050.117510180.114518684X-RAY DIFFRACTION100
1.005-1.03460.11799840.109618685X-RAY DIFFRACTION100
1.0346-1.06790.11569840.100218697X-RAY DIFFRACTION100
1.0679-1.10610.103410040.09118667X-RAY DIFFRACTION100
1.1061-1.15040.09069910.088218710X-RAY DIFFRACTION100
1.1504-1.20280.092110230.085618654X-RAY DIFFRACTION100
1.2028-1.26620.10319380.094418524X-RAY DIFFRACTION99
1.2662-1.34550.10810350.095218520X-RAY DIFFRACTION99
1.3455-1.44940.11139570.095718589X-RAY DIFFRACTION99
1.4494-1.59530.10619760.09518747X-RAY DIFFRACTION100
1.5953-1.82610.11069780.100718742X-RAY DIFFRACTION100
1.8261-2.30070.11019590.100418802X-RAY DIFFRACTION100
2.3007-44.55780.134810220.123818679X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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