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- PDB-4re7: Lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(TCIGCGCCGA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4re7
タイトルLambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(TCIGCGCCGA)
要素5'-D(*TP*CP*IP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
キーワードDNA / inosine / kinking / ruthenium
機能・相同性: / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.181 Å
データ登録者Hall, J.P. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The effects of DNA modification on the binding of polypyridyl ruthenium complexes
著者: Hall, J.P. / Gurung, S.P. / Beer, H. / Buchner, K. / Cardin, D.J. / Brazier, J.A. / Cardin, C.J.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*CP*IP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9163
ポリマ－3,0311
非ポリマー8852
水181
1
A: 5'-D(*TP*CP*IP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*TP*CP*IP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8326
ポリマ－6,0622
非ポリマー1,7704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
Buried area1930 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area4940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.830, 47.830, 32.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*IP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'


分子量: 3030.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-RKL / Ru(tap)2(dppz) complex


分子量: 747.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H22N12Ru
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 uL 2 mM oligonucleotide (double HPLC-purified) + 1 uL 2 mM lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]Cl2 + 6 uL 10% v/v MPD, 40 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 80 mM sodium ...詳細: 1 uL 2 mM oligonucleotide (double HPLC-purified) + 1 uL 2 mM lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]Cl2 + 6 uL 10% v/v MPD, 40 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 80 mM sodium chloride, 20 mM barium chloride equilibrated against 1 mL 35% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→47.83 Å / Num. all: 2012 / Num. obs: 2012 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.122 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.181→33.821 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 45.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2417 159 4.57 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.195 2000 93.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.181→33.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 201 52 1 254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.915454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.04897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00213
LS精密化 シェル解像度: 2.181→33.825 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 159 -
Rwork0.1925 3318 -
obs--93 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.5399 Å / Origin y: 11.9227 Å / Origin z: -19.6956 Å
111213212223313233
T0.7892 Å20.0531 Å2-0.0091 Å2-0.7835 Å2-0.0285 Å2--0.5859 Å2
L4.9133 °2-2.1317 °22.0699 °2-6.1569 °2-2.6301 °2--1.8969 °2
S-0.0704 Å °0.2214 Å °-0.732 Å °-0.3011 Å °0.2186 Å °0.1891 Å °-0.2632 Å °-0.1487 Å °-0.0333 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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