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- PDB-4re6: Acylaminoacyl peptidase complexed with a chloromethylketone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4re6
タイトルAcylaminoacyl peptidase complexed with a chloromethylketone inhibitor
要素Acylamino-acid-releasing enzyme
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / beta-propeller / alpha-beta-hydrolase fold / chloromethyl-ketone inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase/esterase 'gauge' domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Z-GLY-GLY-PHE-CHLOROMETHYL KETONE (BOUND FORM) / Chem-Y3A / Acylamino-acid-releasing enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Menyhard, D.K. / Orgovan, Z. / Szeltner, Z. / Szamosi, I. / Harmat, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Catalytically distinct states captured in a crystal lattice: the substrate-bound and scavenger states of acylaminoacyl peptidase and their implications for functionality.
著者: Menyhard, D.K. / Orgovan, Z. / Szeltner, Z. / Szamosi, I. / Harmat, V.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns_shell / struct_conn / struct_site
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acylamino-acid-releasing enzyme
B: Acylamino-acid-releasing enzyme
C: Acylamino-acid-releasing enzyme
D: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,54312
ポリマ－252,4344
非ポリマー1,1098
水12,142674
1
A: Acylamino-acid-releasing enzyme
B: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8077
ポリマ－126,2172
非ポリマー5905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area40480 Å2
手法PISA
2
C: Acylamino-acid-releasing enzyme
D: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7365
ポリマ－126,2172
非ポリマー5193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area40690 Å2
手法PISA
3
A: Acylamino-acid-releasing enzyme
B: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子

C: Acylamino-acid-releasing enzyme
D: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,54312
ポリマ－252,4344
非ポリマー1,1098
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area80350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.580, 97.300, 99.160
Angle α, β, γ (deg.)105.15, 103.96, 100.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA6 - 5796 - 579
21PROPROBB6 - 5796 - 579
12METMETAA5 - 5815 - 581
22METMETCC5 - 5815 - 581
13METMETAA5 - 5815 - 581
23METMETDD5 - 5815 - 581
14PROPROBB6 - 5796 - 579
24PROPROCC6 - 5796 - 579
15PROPROBB6 - 5796 - 579
25PROPRODD6 - 5796 - 579
16METMETCC5 - 5815 - 581
26METMETDD5 - 5815 - 581

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Acylamino-acid-releasing enzyme / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH / Acylaminoacyl-peptidase


分子量: 63108.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: APE_1547.1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YBQ2, acylaminoacyl-peptidase
#2: 化合物 ChemComp-Y3A / N-[(benzyloxy)carbonyl]glycyl-N-[(2S,3R)-4-chloro-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]glycinamide / Z-Gly-Gly-Phe-Chloromethyl ketone (bound form)


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 447.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN3O5
詳細: The chlorormethyl ketone inhibitor linked to the protein through two covalent bonds with the active site serine and histidine
参照: Z-GLY-GLY-PHE-CHLOROMETHYL KETONE (BOUND FORM)
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 78 mM sodium acetate buffer, 2.2% w/v PEG Mw4000, 5.2 mM dithiothreitol, 0.34 mM EDTA. Protein crystals were soaked in the inhibitor solution., pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日 / 詳細: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. all: 68281 / Num. obs: 68281 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.18 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
11.4-200.02239.03179.2
8.06-11.40.02336.15197.8
6.58-8.060.03726.03197.2
5.7-6.580.04221.87197.5
5.1-5.70.03923.35197.6
4.66-5.10.03525.11197.3
4.31-4.660.03525.23197.5
4.03-4.310.04121.83197
3.8-4.030.05420.52180.1
3.61-3.80.05919.18182.6
3.44-3.610.07214.46192.2
3.29-3.440.08512.03193.7
3.16-3.290.1079.82196.9
3.05-3.160.1347.78196.9
2.94-3.050.1716.23196.6
2.85-2.940.2195196.6
2.77-2.850.2724.04190.4
2.69-2.770.3872.9171.6
2.62-2.690.3183.5157.9
2.55-2.620.5052.16151.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3O4H

3o4h


解像度: 2.55→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 23.075 / SU ML: 0.256 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25963 3441 5 %RANDOM, IMPORTED FROM ISOSTRUCTURAL DATA SET OF PDB ENTRY 3O4H.
Rwork0.21152 ---
obs0.21398 64833 86.52 %-
all-64833 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20.42 Å20.11 Å2
2--0.63 Å20.14 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17267 0 49 674 17990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01917786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0216844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.97724181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.294338682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84452335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25122.51725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06152787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.54815163
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02120342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.024003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8812.399270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8812.399270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0123.58211584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9693.54411609
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2262.5638516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1842.5348587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4583.72112674
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.19218.96919574
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.15118.91819480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A312120.14
12B312120.14
21A353080.06
22C353080.06
31A312900.14
32D312900.14
41B313080.14
42C313080.14
51B333460.08
52D333460.08
61C311720.14
62D311720.14
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.615 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 126 -
Rwork0.285 2782 -
obs--50.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53380.18380.21220.84160.06640.7022-0.0466-0.03530.0572-0.052-0.00640.0429-0.0402-0.08820.0530.00970.0087-0.00450.065-0.0090.011-14.2054-20.2746-1.2164
20.37880.31730.36240.87010.06090.6759-0.01850.1309-0.0227-0.05350.06270.0682-0.00030.1382-0.04420.02320.00960.02610.10440.00950.061216.270219.238612.2314
30.74520.11940.08010.9372-0.18430.67430.03150.0708-0.03530.0646-0.0323-0.1117-0.03910.13020.00080.023-0.00490.00410.0457-0.010.0272-7.927338.0016-36.2516
40.82480.32140.29360.82580.15360.6143-0.0256-0.046-0.02180.03380.0558-0.02010.0465-0.0651-0.03020.06120.01470.03240.03880.00820.0253-39.5429-0.9279-49.0863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 581
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 580
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 581
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 581

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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