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- PDB-3c1m: Cyrstal Structure of threonine-sensitive aspartokinase from Metha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1m
タイトルCyrstal Structure of threonine-sensitive aspartokinase from Methanococcus jannaschii with MgAMP-PNP and L-aspartate
要素Probable aspartokinase
キーワードTRANSFERASE / kinase / allosteric inhibition / threonine-sensitive / ACT domain / Amino-acid biosynthesis / Threonine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lysine-sensitive aspartokinase catalytic domain / VC0802-like / Aspartate kinase, monofunctional class / Aspartate kinase / Aspartate kinase, conserved site / : / ACT domain / Aspartokinase signature. / VC0802-like / ACT domain ...Lysine-sensitive aspartokinase catalytic domain / VC0802-like / Aspartate kinase, monofunctional class / Aspartate kinase / Aspartate kinase, conserved site / : / ACT domain / Aspartokinase signature. / VC0802-like / ACT domain / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / ACT domain profile. / ACT domain / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / ACT-like domain / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ASPARTIC ACID / FORMIC ACID / Probable aspartokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Structural Basis for Allosteric Inhibition of a Threonine-sensitive Aspartokinase.
著者: Liu, X. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.
履歴
登録2008年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable aspartokinase
B: Probable aspartokinase
C: Probable aspartokinase
D: Probable aspartokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,75922
ポリマ－205,8294
非ポリマー2,93118
水11,187621
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18570 Å2
手法PISA
2
A: Probable aspartokinase
B: Probable aspartokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,42612
ポリマ－102,9142
非ポリマー1,51110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
手法PISA
3
C: Probable aspartokinase
D: Probable aspartokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,33410
ポリマ－102,9142
非ポリマー1,4198
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.408, 104.478, 192.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
31A
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 465 / Label seq-ID: 3 - 465

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2CC
3AA
4DD

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable aspartokinase / Aspartate kinase


分子量: 51457.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0571 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q57991, aspartate kinase

-
非ポリマー , 5種, 639分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#4: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 14% PEG4000, 100mM Tris, 800mM Ammonium Formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 86820 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.305

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 14.319 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24613 4369 5 %RANDOM
Rwork0.19375 ---
obs0.19638 82404 95.61 %-
all-86820 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.44 Å20 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3---1.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.248 Å0.379 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a-0.3404 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14215 0 182 621 15018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02214563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.99719627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81251860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52724.796565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.451152775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4031589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.27234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.29970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4631.59552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.759214905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28835594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1034.54720
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3477 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1BMEDIUM POSITIONAL0.370.5
2CMEDIUM POSITIONAL0.270.5
3AMEDIUM POSITIONAL0.320.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.280.5
1BMEDIUM THERMAL0.432
2CMEDIUM THERMAL0.422
3AMEDIUM THERMAL0.442
4DMEDIUM THERMAL0.472
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 245 -
Rwork0.253 4880 -
obs--77.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34610.4844-0.23110.81710.07391.06030.082-0.1133-0.18270.1635-0.03830.03920.0816-0.0198-0.04370.09220.07210.02180.11440.09180.135531.481919.175967.7345
22.361.72340.86752.83350.99921.38290.1386-0.174-0.21960.279-0.0476-0.05010.219-0.1956-0.0910.0820.05330.04310.18530.0920.128222.93184.855544.491
32.54881.2524-0.13171.54020.85541.61550.0355-0.072-0.38680.05840.1188-0.25950.19610.0018-0.15440.11350.03560.00360.15240.06740.193429.12271.604739.1897
42.9485-0.5769-0.96812.94980.34942.38180.01030.702-0.2904-0.6204-0.08210.1643-0.1137-0.1890.07180.2127-0.0613-0.01570.2733-0.14430.1302-6.1878-11.49144.8521
52.87480.0841-0.25831.08090.1250.8386-0.09120.1414-0.4252-0.0991-0.0245-0.00650.1120.02090.11580.1532-0.0210.09070.1389-0.06460.20922.3087-14.530816.9709
62.02790.0588-0.34472.25731.16942.3314-0.1130.0218-0.0724-0.10950.06760.0287-0.1004-0.12140.04540.05760.01060.00430.16710.06550.122218.13935.894530.0788
72.18920.30850.22761.3312-0.27031.68130.1324-0.2938-0.3570.2059-0.0702-0.15930.1308-0.0223-0.06220.2489-0.02-0.110.19130.13040.2135-0.1952-15.935288.5029
81.65280.15980.06912.3984-1.23672.0830.0046-0.1804-0.03940.0996-0.0025-0.1307-0.0090.0225-0.0020.10650.0223-0.02350.2472-0.04580.1281-16.04370.458971.1401
92.4169-0.1031-0.23981.6963-0.63662.4643-0.0656-0.35780.14030.21320.08640.0819-0.1694-0.0702-0.02080.12690.0089-0.02060.2376-0.0280.1305-22.5335.24174.0846
101.8238-1.6493-0.59563.29280.78441.58230.00570.26140.093-0.1425-0.020.1991-0.16-0.13940.01430.0357-0.05080.00420.0641-0.00990.133-38.584218.855728.1755
110.8563-0.1576-0.04090.61660.15571.2967-0.0501-0.04250.169-0.04010.0894-0.0992-0.12180.0879-0.03930.0818-0.03630.00780.0733-0.03520.2105-30.369721.243640.9796
122.7617-1.0996-0.01011.7359-0.30891.13880.0585-0.0951-0.1731-0.04120.06090.08940.0973-0.06-0.11950.1054-0.0075-0.02970.1838-0.03120.1049-27.2490.542761.0298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2912 - 291
2X-RAY DIFFRACTION2AA292 - 374292 - 374
3X-RAY DIFFRACTION3AA375 - 470375 - 470
4X-RAY DIFFRACTION4BB2 - 1052 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5BB106 - 299106 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6BB300 - 470300 - 470
7X-RAY DIFFRACTION7CC2 - 2912 - 291
8X-RAY DIFFRACTION8CC292 - 374292 - 374
9X-RAY DIFFRACTION9CC375 - 470375 - 470
10X-RAY DIFFRACTION10DD2 - 1062 - 106
11X-RAY DIFFRACTION11DD107 - 299107 - 299
12X-RAY DIFFRACTION12DD300 - 470300 - 470

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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