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- PDB-4rdn: Structure of YTH-YTHDF2 in complex with m6A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rdn
タイトルStructure of YTH-YTHDF2 in complex with m6A
要素YTH domain-containing family protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / m6A methylated RNA binding / atypical Beta-Propeller / RNA binding / m6A methylated RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / gamete generation / endothelial to hematopoietic transition / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity ...C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / gamete generation / endothelial to hematopoietic transition / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / negative regulation of stem cell differentiation / oocyte maturation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / hematopoietic stem cell proliferation / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / humoral immune response / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of neurogenesis / regulation of cell adhesion / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / P-body / centriolar satellite / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / innate immune response / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ph1033 like fold / ph1033 like domains / YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-methyladenosine / YTH domain-containing family protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, F.D. / Zhao, D.B. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Structure of the YTH domain of human YTHDF2 in complex with an m(6)A mononucleotide reveals an aromatic cage for m(6)A recognition.
著者: Li, F. / Zhao, D. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing family protein 2
B: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6828
ポリマ－38,7362
非ポリマー9476
水4,197233
1
A: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8414
ポリマ－19,3681
非ポリマー4733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8414
ポリマ－19,3681
非ポリマー4733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.730, 80.730, 113.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 YTH domain-containing family protein 2 / CLL-associated antigen KW-14 / High-glucose-regulated protein 8 / Renal carcinoma antigen NY-REN-2


分子量: 19367.848 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 408-552 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF2, HGRG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5A9
#2: 化合物 ChemComp-6MD / N-methyladenosine / N6-メチルアデノシン


分子量: 281.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Potassium tartrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, PH 5.6, 2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→69.914 Å / Num. all: 24524 / Num. obs: 24524 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.218.40.5351.42998735770.535100
2.21-2.358.10.4681.42723133580.468100
2.35-2.518.30.3032.52657631830.303100
2.51-2.718.30.24632451729520.246100
2.71-2.978.30.1714.22268927340.171100
2.97-3.328.10.1225.61995824560.122100
3.32-3.837.40.0837.71622621850.083100
3.83-4.78.50.04912.91560618320.049100
4.7-6.648.70.04813.11253414460.048100
6.64-38.0318.40.04411.567488010.04499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.2484 / WRfactor Rwork: 0.2022 / FOM work R set: 0.8004 / SU B: 5.553 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / SU Rfree: 0.1977 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 1247 5.1 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2196 23209 99.87 %-
all-24524 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.8 Å2 / Biso mean: 27.687 Å2 / Biso min: 7.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 60 233 2709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1211.9413455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72535397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2115299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.1423.516128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31115434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.571518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1842.6511193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1812.651192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.033.9671490
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 94 -
Rwork0.27 1704 -
all-1798 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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