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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rcc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E Coli Hfq | ||||||
要素 | RNA-binding protein Hfq | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of translation, ncRNA-mediated / RNA folding chaperone / regulation of translation, ncRNA-mediated / bent DNA binding / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.981 Å | ||||||
データ登録者 | Su, J.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chin J Biochem Mol Biol / 年: 2015 タイトル: Limited proteolysis improves E.coli Hfq crystal structure resolution 著者: Feng, S.Q. / Si, Y.L. / Song, C.Y. / Wang, P.Q. / Su, J.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rcc.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rcc.ent.gz | 16 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rcc_validation.pdf.gz | 420.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rcc_full_validation.pdf.gz | 421 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rcc_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rcc_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rcc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7653.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 5-71 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6X3 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M TRIS.HCl pH 8.5, 1.5M Ammonium sulfate, 15 %(w/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97159 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.98 Å / Num. obs: 4286 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.981→30.66 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.981→30.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9813→30.6637 Å
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