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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rc3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ser/Thr kinase Pim1 in complex with Mitoxantrone derivatives | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase pim-1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / kinase domain (キナーゼ) / kinase (キナーゼ) / Phosphorylation (リン酸化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / ribosomal small subunit binding / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / ribosomal small subunit binding / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.338 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, W. / Wan, X. / Huang, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Ser/Thr kinase Pim1 in complex with Mitoxantrone derivatives 著者: Zhang, W. / Wan, X. / Huang, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rc3.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rc3.ent.gz | 51.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rc3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33292.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 120-404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-3OA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.4 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.980002 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.338→36.48 Å / Num. all: 18718 / Num. obs: 18718 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | 解像度: 2.338→2.4 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YWV 解像度: 2.338→36.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.785 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.929 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.338→36.48 Å
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拘束条件 |
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