PDB-4raj: Crystal structure of heme oxygenase 2 from Chlamydomonas reinhard...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4raj

タイトル

Crystal structure of heme oxygenase 2 from Chlamydomonas reinhardtii without heme.

要素

Heme oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Heme Oxygenase / heme / biliverdin / HMOX2

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Lagarias, J.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of heme oxygenase 2 from Chlamydomonas reinhardtii without heme.
著者: Lopez, O. / Duanmu, D. / Lagarias, J.C. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2014年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4raj.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4raj.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4raj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4raj_validation.pdf.gz	713.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4raj_full_validation.pdf.gz	714.7 KB	表示
XML形式データ	4raj_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	4raj_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4raj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4raj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n45S 1we1S 1wovS 2rgzS 4g7lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xk1-1 5btq-2 1ni6-4 5zqd-1 3l56-1 1ni6-2 5uc8-4 6hos-1 4as8-d 7a7s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heme oxygenase

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.930, 134.770, 80.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-519- HOH
2	1	A-565- HOH

#1: タンパク質	Heme oxygenase 分子量: 26816.490 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-243 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC503 / 遺伝子: CHLREDRAFT_152591, HMOX2 / プラスミド: pTYB12-CrHMOX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A8JBZ0, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG Monomethyl Ether 5000, 0.2M NaCl, 0.1M Bis Tris pH 6.5. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月29日 / 詳細: Si (111)
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→50 Å / Num. all: 20218 / Num. obs: 20218 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.45
反射シェル	解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1484 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1n45, 4g7l, 1wov, 2rgz, 1we1

解像度: 1.84→35.865 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1959	987	4.89 %	RANDOM
R_work	0.1704	-	-	-
all	0.1716	-	-	-
obs	0.1716	20198	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→35.865 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1684	0	18	176	1878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	2344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.361	636
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	254
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.9369	0.2863	139	0.2518	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9369-2.0583	0.2644	126	0.2003	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0583-2.2172	0.2149	141	0.1816	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2172-2.4402	0.2165	165	0.172	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4402-2.7932	0.2251	149	0.1843	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7932-3.5187	0.2083	127	0.1766	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5187-35.8716	0.1468	140	0.1456	2859	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0095	0.0249	-0.0131	0.0185	0.0635	0.0819	-0.1321	-0.0068	-0.2368	0.058	-0.0311	-0.3888	0.2777	0.3322	-0.0064	0.3413	0.0197	0.1227	0.2696	0.0456	0.4755	4.9551	60.9784	36.7004
2	0.2295	0.0522	0.4465	-0.0132	0.0165	0.3777	0.2045	-0.2014	-0.138	0.0872	-0.4156	-0.4817	-0.0798	0.1808	-0.0015	0.2724	0.0144	0.0074	0.2434	0.0278	0.3338	-1.9668	50.6739	55.4348
3	0.1596	0.2094	0.0781	0.6311	0.1481	0.1424	0.0456	-0.0332	-0.0215	-0.0057	0.0153	0.1626	0.0459	-0.1854	0	0.175	-0.0047	-0.0044	0.2292	-0.03	0.2022	-15.5326	46.4601	43.359
4	0.2311	0.3602	-0.2139	1.1359	0.0312	0.9525	0.0067	0.0523	-0.0174	-0.1917	0.0085	0.0666	-0.0403	-0.1734	0	0.1841	0.0132	-0.0101	0.2281	-0.0139	0.1958	-14.0595	48.9767	39.7269
5	-0.0068	0.1818	0.0629	0.1829	0.0819	0.49	-0.0311	0.1395	-0.0871	-0.0798	-0.1127	-0.451	0.5961	0.2814	-0.0036	0.2456	0.0341	-0.0061	0.2547	-0.014	0.2576	-3.2122	35.3219	47.2778
6	0.2407	0.1574	0.1466	0.3273	0.0432	0.1353	0.283	-0.0041	0.0568	-0.2819	-0.0039	-0.8115	-0.0531	0.3372	0.0543	0.3664	0.0224	0.1583	0.233	-0.0492	0.3533	0.3081	52.358	29.3771
7	0.6574	-0.022	0.3746	0.7759	0.6165	0.4197	-0.0108	-0.1328	-0.0792	-0.0209	-0.1081	-0.2288	-0.1153	0.069	-0.0013	0.207	0.0084	0.0045	0.1851	-0.0183	0.2215	-7.8377	58.6953	46.0196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 149 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 150 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 230 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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