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- PDB-4r9t: L-ficolin complexed to sulphates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9t
タイトルL-ficolin complexed to sulphates
要素Ficolin-2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / FIBRINOGEN-LIKE domain / INNATE IMMUNITY / PATTERN RECOGNITION PROTEIN / LECTIN / IMMUNOLOGY / LECTIN-LIKE / plasma / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer ...mannan binding / recognition of apoptotic cell / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / carbohydrate derivative binding / collagen trimer / serine-type endopeptidase complex / proteoglycan binding / Initial triggering of complement / antigen binding / calcium-dependent protein binding / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / blood microparticle / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 ...: / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ficolin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Laffly, E. / Lacroix, M. / Martin, L. / Vassal-Stermann, E. / Thielens, N. / Gaboriaud, C.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Human ficolin-2 recognition versatility extended: An update on the binding of ficolin-2 to sulfated/phosphated carbohydrates.
著者: Laffly, E. / Lacroix, M. / Martin, L. / Vassal-Stermann, E. / Thielens, N.M. / Gaboriaud, C.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ficolin-2
A: Ficolin-2
C: Ficolin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,22313
ポリマ－74,1763
非ポリマー1,04710
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ficolin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8623
ポリマ－24,7251
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Ficolin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4416
ポリマ－24,7251
非ポリマー7165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Ficolin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9214
ポリマ－24,7251
非ポリマー1953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.110, 96.110, 141.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010B72 - 287
2010A72 - 287
1020B75 - 287
2020C75 - 287
1030A75 - 287
2030C75 - 287

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BAC

#1: タンパク質 Ficolin-2 / 37 kDa elastin-binding protein / Collagen/fibrinogen domain-containing protein 2 / EBP-37 / Ficolin- ...37 kDa elastin-binding protein / Collagen/fibrinogen domain-containing protein 2 / EBP-37 / Ficolin-B / Ficolin-beta / Hucolin / L-ficolin / Serum lectin p35


分子量: 24725.373 Da / 分子数: 3 / 断片: SUGAR BINDING DOMAIN (UNP RESIDUES 97-313) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCN2, FCNL / 発現宿主: unidentified Baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q15485
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 70分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 5.7 mg/ml in 145 mM NaCl, 50 mM triethanolamine-HCl, pH 7.4. Reservoir solution composed of 15% (w/v) PEG 8000, 200 mM Ca acetate and 0.1 M HEPES. Ligand soaking. ...詳細: Protein solution: 5.7 mg/ml in 145 mM NaCl, 50 mM triethanolamine-HCl, pH 7.4. Reservoir solution composed of 15% (w/v) PEG 8000, 200 mM Ca acetate and 0.1 M HEPES. Ligand soaking. Cryoprotection was achieved by adding PEG 400 to the drop just before flash-cooling the crystal in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.05 Å / Num. all: 36420 / Num. obs: 36406 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.25-2.31100
2.3-2.351100
2.35-2.41100
2.4-2.51100
2.5-31100
3-3.51100
3.5-41100
4-61100
6-101100
10-20197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 11.069 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21782 1821 5 %RANDOM
Rwork0.18787 ---
obs0.18939 34600 99.96 %-
all-36423 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5195 0 59 61 5315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.9217345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3063.00310886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1695650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.97623.759290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48915822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.121535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8092.3952612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7852.3932608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3573.5683245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.253.7243246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4172.7112813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4212.8312789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4444.1174060
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.7520.2826052
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.75320.2796044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B118730.12
12A118730.12
21B122210.09
22C122210.09
31A120250.11
32C120250.11
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 133 -
Rwork0.223 2528 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28150.16970.07030.67040.03030.49040.03010.0005-0.0612-0.00240.0812-0.06180.1485-0.0034-0.11130.1705-0.0662-0.04630.17780.0230.0383-39.86321.166-17.924
20.7539-2.3236-1.09959.66593.07661.66170.07320.25530.11090.3802-0.0739-1.0351-0.0834-0.43020.00070.2580.0384-0.12980.3308-0.11150.2351-49.84116.126-17.469
30.2693-0.0168-0.08940.7413-0.69531.17330.00450.0682-0.0011-0.11090.09110.20790.0979-0.0781-0.09560.1643-0.0253-0.00620.13860.01430.0869-40.16110.69-14.339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B71 - 288
2X-RAY DIFFRACTION1B301 - 306
3X-RAY DIFFRACTION2A72 - 288
4X-RAY DIFFRACTION2A302
5X-RAY DIFFRACTION3C75 - 288
6X-RAY DIFFRACTION3C301 - 303

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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