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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r8w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in complex with a neutralizing antibody CT149 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Influenza A Virus / Hemagglutinin / neutralizing antibody | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, Y. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A potent broad-spectrum protective human monoclonal antibody crosslinking two haemagglutinin monomers of influenza A virus 著者: Wu, Y. / Cho, M. / Shore, D. / Song, M. / Choi, J. / Jiang, T. / Deng, Y.Q. / Bourgeois, M. / Almli, L. / Yang, H. / Chen, L.M. / Shi, Y. / Qi, J. / Li, A. / Yi, K.S. / Chang, M. / Bae, J.S. ...著者: Wu, Y. / Cho, M. / Shore, D. / Song, M. / Choi, J. / Jiang, T. / Deng, Y.Q. / Bourgeois, M. / Almli, L. / Yang, H. / Chen, L.M. / Shi, Y. / Qi, J. / Li, A. / Yi, K.S. / Chang, M. / Bae, J.S. / Lee, H. / Shin, J. / Stevens, J. / Hong, S. / Qin, C.F. / Gao, G.F. / Chang, S.J. / Donis, R.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 480.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34993.559 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-339 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A024E3P0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 340-516 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A024E3P0, UniProt: A0A024E2M1*PLUS |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#3: 抗体 | 分子量: 24429.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: 抗体 | 分子量: 23761.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-糖 / 非ポリマー , 2種, 28分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 糖 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 30% v/v PEG 4000, 60mM Divalents, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.795→50 Å / Num. all: 31761 / Num. obs: 31761 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 66.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.795→2.9 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entries 4KOL and 4DN3 解像度: 2.795→48.405 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.795→48.405 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 55.7892 Å / Origin y: -16.1559 Å / Origin z: -21.1885 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |