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- PDB-4r8i: High Resolution Structure of a Mirror-Image RNA Oligonucleotide A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r8i
タイトルHigh Resolution Structure of a Mirror-Image RNA Oligonucleotide Aptamer in Complex with the Chemokine CCL2
要素
  • C-C motif chemokine 2
  • Mirror-Image RNA Oligonucleotide Aptamer NOXE36
キーワードCytokine/RNA / Aptamer Spiegelmer L-oligonucleotide / Cytokine-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of glial cell apoptotic process / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway ...helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of glial cell apoptotic process / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cellular homeostasis / chemokine activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to interleukin-1 / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / sensory perception of pain / cytoskeleton organization / viral genome replication / animal organ morphogenesis / response to bacterium / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / protein kinase activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / C-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Oberthuer, D. / Achenbach, J. / Gabdulkhakov, A. / Falke, S. / Buchner, K. / Maasch, C. / Rehders, D. / Klussmann, S. / Betzel, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of a mirror-image L-RNA aptamer (Spiegelmer) in complex with the natural L-protein target CCL2.
著者: Oberthur, D. / Achenbach, J. / Gabdulkhakov, A. / Buchner, K. / Maasch, C. / Falke, S. / Rehders, D. / Klussmann, S. / Betzel, C.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 2
B: Mirror-Image RNA Oligonucleotide Aptamer NOXE36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0479
ポリマ－21,7412
非ポリマー3067
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)108.912, 108.912, 34.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated from the complex in the asymmetric unit by the following symmetry operation: y,x,-z-2

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 2 / HC11 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / ...HC11 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / Monocyte chemotactic protein 1 / MCP-1 / Monocyte secretory protein JE / Small-inducible cytokine A2


分子量: 8830.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL2, MCP1, SCYA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13500
#2: RNA鎖 Mirror-Image RNA Oligonucleotide Aptamer NOXE36


分子量: 12910.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The NOX-E36 L-oligonucleotides with the sequence 5'-GCACGUCCCUCACCGGUGCAAGUGAAGCCGUGGCUCUGCG-3' were synthesized using standard phosphoramidite chemistry at NOXXON Pharma AG (Berlin, Germany)
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 118分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: After thorough optimization of crystallization conditions needle shaped crystals (approx. 300x50x50um) could be obtained by mixing 1uL of the NOX-E36-CCL2 complex (in 20 mM HEPES pH 7.4, 100 ...詳細: After thorough optimization of crystallization conditions needle shaped crystals (approx. 300x50x50um) could be obtained by mixing 1uL of the NOX-E36-CCL2 complex (in 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 5 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2) with 1uL of a solution containing 40 mM Na cacodylate pH 5.5, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 40 mM LiCl, 80 mM SrCl2 and 20 mM MgCl2 and subsequent vapor-diffusion equilibration against 1 mL of reservoir (35% (v/v) MPD, 5 mM KCl, 1 mM MgCl2 and 1 mM CaCl2). Crystals used for data collection grew within three weeks at 277K. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月14日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→100 Å / Num. obs: 24915 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→77.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.071 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24971 1348 10.1 %RANDOM
Rwork0.20003 ---
obs0.20504 12058 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.728 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→77.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数544 853 7 111 1515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0231506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6092.6172149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.36567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66224.16724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37815107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.514154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0984.206271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6336.269337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5363.0221235
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.02428.6192737
LS精密化 シェル解像度: 2.049→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 87 -
Rwork0.231 771 -
obs--88.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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