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- PDB-4r81: NAD(P)H:quinone oxidoreductase from Methanothermobacter marburgensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r81
タイトルNAD(P)H:quinone oxidoreductase from Methanothermobacter marburgensis
要素NADH dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavodoxin-like/fold / FMN / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Predicted NADH dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ullmann, E. / Tan, T.C. / Herwig, C. / Divne, C. / Spadiut, O.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2014
タイトル: A novel cytosolic NADH:quinone oxidoreductase from Methanothermobacter marburgensis.
著者: Ullmann, E. / Tan, T.C. / Gundinger, T. / Herwig, C. / Divne, C. / Spadiut, O.
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH dehydrogenase
B: NADH dehydrogenase
C: NADH dehydrogenase
D: NADH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1118
ポリマ－94,2864
非ポリマー1,8254
水7,674426
1
A: NADH dehydrogenase
B: NADH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0564
ポリマ－47,1432
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
2
C: NADH dehydrogenase
D: NADH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0564
ポリマ－47,1432
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
3
A: NADH dehydrogenase
B: NADH dehydrogenase
ヘテロ分子

C: NADH dehydrogenase
D: NADH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1118
ポリマ－94,2864
非ポリマー1,8254
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area13480 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.998, 94.686, 72.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NADH dehydrogenase


分子量: 23571.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter marburgensis (古細菌)
株: DSM 2133 / 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg / 遺伝子: MTBMA_c07320 / プラスミド: pET21d+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9PVS9
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.34 Å / Num. all: 120455 / Num. obs: 120455 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER(PHENIX)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LCM

3lcm


解像度: 1.5→45.967 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 1993 1.65 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
all0.1662 120454 --
obs0.1662 120454 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 124 426 6904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0129084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1542474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.53750.37151400.29318258X-RAY DIFFRACTION97
1.5375-1.57910.2651420.2438353X-RAY DIFFRACTION98
1.5791-1.62560.24411390.20898364X-RAY DIFFRACTION98
1.6256-1.6780.25871500.19468340X-RAY DIFFRACTION98
1.678-1.7380.23981310.17898413X-RAY DIFFRACTION98
1.738-1.80760.26981470.17768430X-RAY DIFFRACTION99
1.8076-1.88990.21021410.15868460X-RAY DIFFRACTION99
1.8899-1.98950.20961460.15458453X-RAY DIFFRACTION99
1.9895-2.11420.20061310.15758532X-RAY DIFFRACTION99
2.1142-2.27740.21541520.15238517X-RAY DIFFRACTION100
2.2774-2.50660.19421350.15718542X-RAY DIFFRACTION100
2.5066-2.86920.21361490.17268572X-RAY DIFFRACTION100
2.8692-3.61470.19181480.16628592X-RAY DIFFRACTION100
3.6147-45.98850.17521420.15058635X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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