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Yorodumi- PDB-1iuq: The 1.55 A Crystal Structure of Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1iuq | ||||||
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Title | The 1.55 A Crystal Structure of Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase | ||||||
Components | Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / OPEN TWISTED ALPHA/BETA / FOUR HELIX BUNDLE | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase / glycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / : / phosphatidylglycerol biosynthetic process / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / chloroplast stroma Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cucurbita moschata (crookneck pumpkin) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Tamada, T. / Feese, M.D. / Kato, Y. / Kuroki, R. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2004 Title: Substrate recognition and selectivity of plant glycerol-3-phosphate acyltransferases (GPATs) from Cucurbita moscata and Spinacea oleracea. Authors: Tamada, T. / Feese, M.D. / Ferri, S.R. / Kato, Y. / Yajima, R. / Toguri, T. / Kuroki, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1iuq.cif.gz | 95.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1iuq.ent.gz | 71.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1iuq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/1iuq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41165.621 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cucurbita moschata (crookneck pumpkin) / Plasmid: pET-17B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pLysS References: UniProt: P10349, glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.39 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 1.6-1.8M AMMONIUM SULFATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 277 K / pH: 8 / Method: vapor diffusion, hanging drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL40B2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2000 |
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.548→27.125 Å / Num. all: 61882 / Num. obs: 60415 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.548→1.61 Å / Redundancy: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 5411 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 86.6 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.55 Å / Num. obs: 61882 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 1.55 Å / % possible obs: 86.6 % / Rmerge(I) obs: 0.292 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.55→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.101 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.082 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.957 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.55 Å / Lowest resolution: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 1.55 Å / Lowest resolution: 1.61 Å |