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- PDB-4r7y: Crystal structure of an active MCM hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7y
タイトルCrystal structure of an active MCM hexamer
要素Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
キーワードHYDROLASE / AAA+ / OB-fold / MCM / helicase / ATPase / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / intein-mediated protein splicing / DNA duplex unwinding / helicase activity / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / cell division / ATP hydrolysis activity ...MCM complex / intein-mediated protein splicing / DNA duplex unwinding / helicase activity / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / cell division / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region ...mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / Hint domain superfamily / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA helicase / Minichromosome maintenance protein MCM
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Miller, J.M. / Arachea, B.T. / Epling, L.B. / Enemark, E.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Analysis of the crystal structure of an active MCM hexamer.
著者: Miller, J.M. / Arachea, B.T. / Epling, L.B. / Enemark, E.J.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32014年11月19日Group: Database references
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
B: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,19114
ポリマ－138,9452
非ポリマー1,24712
水00
1
A: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
B: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
ヘテロ分子

A: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
B: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
ヘテロ分子

A: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
B: Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)420,57442
ポリマ－416,8346
非ポリマー3,74036
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area39150 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area157040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.902, 118.902, 199.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Minichromosome maintenance protein MCM, Cell division control protein 21


分子量: 69472.336 Da / 分子数: 2 / 断片: Chimera fusion of SsoMCM-N and PfMCM-AAA / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Constructed as Sumo fusion (Mossessova and Lima, 2000)
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌), (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2, ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1
遺伝子: MCM, SSO0774, PF0482 / プラスミド: pRSF-duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9UXG1, UniProt: Q8U3I4, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 10.8 mg/mL Sso-PfMCM; 5 mM ADP mixed 1:1 with 100 mM HEPES, pH 7.6; 350 mM MgCl2; 3 % (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 43407 / Num. obs: 43329 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique all: 4313 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SsoMCM N-terminal domain (2VL6), PfMCM ATPase domain (related entry 4R7Z)

2vl6

4r7z


解像度: 2.7→49.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3602734.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1976 5.1 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.263 39044 89.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.0577 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.32 Å20 Å20 Å2
2---2.32 Å20 Å2
3---4.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9430 0 64 0 9494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 123 5.7 %
Rwork0.36 2042 -
obs-2042 50.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6adp.paramadp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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