PDB-4r7u: Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r7u

タイトル

Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Vibrio cholerae in complex with substrate UDP-N-acetylglucosamine and the drug fosfomycin

要素

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / MURA / FOSFOMYCIN / PEPTIDOGLYCAN / AMINO SUGAR AND NUCLEOTIDE SUGAR METABOLISM / PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Vibrio cholerae in complex with substrate UDP-N-acetylglucosamine and the drug fosfomycin
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r7u.cif.gz	615 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r7u.ent.gz	530.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4r7u_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r7u_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4r7u_validation.xml.gz	60.4 KB	表示
CIF形式データ	4r7u_validation.cif.gz	83.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r7u	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3vcy-d 3v4t-1 1q3g-3 3swd-15 6cn1-1 3swd-13 2z2c-d 1ryw-1 3v4t-2 1ryw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01463

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

C: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

D: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

183 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.283, 204.283, 118.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT 分子量: 45011.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: murA, VC_2514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9KP62, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

#1: タンパク質

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT

分子量: 45011.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: murA, VC_2514 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9KP62, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 309分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FFQ / [(1R)-1-hydroxypropyl]phosphonic acid / Fosfomycin, bound form / [(R)-1-ヒドロキシプロピル]ホスホン酸分子量: 140.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₄P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30.0 % w/v PEG 2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月29日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→38.64 Å / Num. all: 67896 / Num. obs: 67896 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→38.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 16.122 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.82 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23372	2986	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17767	-	-	-
obs	0.1805	55981	86.72 %	-
all	-	58967	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	-0.25 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12460	0	206	295	12961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	12840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.986	17413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	3	28964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.221	5	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.652	23.968	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.468	15	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.644	15	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	43	-
R_work	0.187	811	-
obs	-	-	17.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3354	0.0563	0.3533	0.3899	0.1213	0.2209	-0.1609	0.0127	0.183	-0.0198	0.1263	-0.0632	-0.1271	0.003	0.0346	0.1176	0.0145	0.0057	0.1023	-0.014	0.0725	-45.4452	2.5884	-21.5121
2	2.345	-0.7921	0.0592	1.7812	0.0995	0.2644	-0.0914	-0.0366	0.1656	0.0056	0.0992	-0.0769	-0.0178	0.0079	-0.0078	0.105	-0.0203	-0.0033	0.0824	-0.0624	0.1012	-28.1369	4.6172	-14.6124
3	8.29	-3.0477	0.0069	2.466	-0.9112	0.6257	-0.0833	-0.2499	-0.3477	0.1719	0.1569	0.2236	-0.1327	-0.0213	-0.0736	0.1466	-0.032	-0.0163	0.1329	-0.041	0.0687	-31.9439	-6.7377	-5.8574
4	0.2085	-0.2261	-0.0957	0.3677	-0.084	0.3376	-0.0316	-0.045	-0.0301	0.007	0.0388	0.0251	0.0261	0.0171	-0.0072	0.0987	0.0242	-0.0151	0.1414	-0.0628	0.1465	-27.5784	-15.2472	-11.9191
5	2.2812	0.4224	-0.0616	0.1026	0.1634	3.4299	0.0926	-0.1911	-0.061	0.0671	-0.026	-0.0475	0.2527	0.2667	-0.0665	0.1149	0.0255	-0.0568	0.0478	-0.0059	0.1763	-21.1727	-18.2861	-11.1685
6	0.1054	-0.0198	-0.2823	1.0485	-0.291	0.9746	-0.0396	-0.0027	0.0307	-0.0816	0.0607	-0.0952	0.0485	0.0072	-0.0211	0.1097	-0.0106	0.0074	0.0932	-0.0367	0.1254	-25.5414	-12.8281	-26.6827
7	5.9121	-3.138	1.0023	20.7206	-1.7514	0.25	-0.4561	-0.4205	0.1908	-0.3996	0.3595	-1.4992	-0.0434	-0.0625	0.0966	0.1013	-0.0337	0.0918	0.2417	-0.1432	0.1978	-13.4491	-5.2249	-23.8623
8	1.0427	-0.6875	0.6926	0.4681	-0.4732	0.4806	-0.1207	-0.1417	0.2244	0.0275	0.0439	-0.1167	-0.0352	-0.0644	0.0767	0.1549	0.0199	-0.0501	0.1349	-0.0482	0.2033	-44.764	-0.2255	-29.0406
9	3.5879	-0.5412	-1.193	0.7039	-0.9884	2.7368	0.1635	0.2873	0.1487	-0.1805	-0.1058	-0.0431	0.0932	0.0789	-0.0577	0.1896	-0.0307	0.0181	0.1064	-0.0286	0.1377	-47.1242	0.6895	-36.0412
10	3.4567	1.6332	-0.4379	1.7068	-0.2657	0.0631	-0.0866	0.4034	-0.0358	-0.3242	0.0817	-0.1308	0.0238	-0.0649	0.0049	0.1232	0.0392	0.0161	0.1684	0.0036	0.0749	-51.3019	-2.684	-39.5793
11	2.6573	0.3776	0.3265	0.8305	0.2819	0.1212	-0.0594	-0.0159	0.1512	-0.0126	0.0388	-0.0433	0	-0.0153	0.0206	0.1314	0.0074	-0.0103	0.1301	-0.0103	0.0687	-54.0213	-11.6816	-30.0617
12	5.7409	-0.2607	2.872	0.0942	0.3408	4.2209	-0.1193	0.0313	-0.122	-0.0024	0.021	0.0351	-0.02	0.0142	0.0982	0.1378	-0.0401	-0.0264	0.0863	0.0101	0.121	-52.8272	-17.5415	-23.5499
13	0.2463	-0.1298	-0.1229	1.591	0.0511	0.3585	-0.0657	-0.0699	-0.0993	0.0852	0.0725	0.14	0.0989	-0.0431	-0.0068	0.1004	-0.02	-0.0278	0.1065	-0.0011	0.1477	-63.2568	-12.0193	-19.4074
14	0.1571	0.3216	-0.1139	1.502	0.4661	0.6631	0.0393	-0.0153	-0.0012	0.0761	-0.0089	-0.0311	-0.0177	0.0304	-0.0304	0.1285	0.0275	-0.0195	0.1211	0.0009	0.0892	-55.6497	-1.3521	-15.5328
15	0.7305	-0.3299	0.5875	0.8891	-0.1325	0.4967	-0.099	-0.0171	0.1724	-0.0159	-0.0308	-0.1433	-0.099	-0.0217	0.1298	0.1226	0.0263	-0.0253	0.1218	-0.0147	0.11	-53.0612	8.2225	-18.9305
16	1.7841	0.2749	-0.2654	0.06	-0.0339	0.1847	-0.0403	-0.1256	0.1103	0.0436	-0.011	0.0078	0.0577	-0.0158	0.0513	0.1494	0.0146	-0.0028	0.1064	-0.0496	0.0944	-55.6992	-21.1994	12.3369
17	1.5359	-0.1672	-0.0231	0.5451	0.586	0.6634	-0.1556	-0.1713	0.1974	0.0574	0.0761	0.035	0.0142	0.0302	0.0795	0.1413	0.0188	0.0142	0.1196	-0.0639	0.1025	-73.2141	-13.0556	12.9061
18	7.8617	4.3877	-2.9205	2.4489	-1.63	1.1073	-0.1645	0.2749	0.3125	-0.1067	0.1874	0.1729	0.0945	-0.0712	-0.0229	0.1698	0.0392	-0.0164	0.1275	0.0422	0.218	-69.6822	-8.6884	-0.8884
19	1.6967	0.1884	0.1929	0.1175	0.1288	0.1453	0.0425	0.0669	0.0472	0.0216	-0.021	-0.0318	0.0196	-0.0146	-0.0216	0.0979	0.0212	0.0094	0.1037	-0.0098	0.1485	-74.9287	-16.331	-7.0938
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	227 - 265
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	266 - 283
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	284 - 293
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	294 - 338
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	339 - 357
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	358 - 384
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	385 - 418
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	1 - 21
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	22 - 38
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	39 - 79
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	80 - 108
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	109 - 153
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	154 - 176
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	177 - 204
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	205 - 221
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	222 - 246
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	247 - 265
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	266 - 296
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	297 - 344
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	345 - 366
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	367 - 377
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	378 - 419
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	1 - 12
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	13 - 37
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	38 - 74
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	75 - 92
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	93 - 137
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	138 - 159
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	160 - 198
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	227 - 267
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	287 - 291
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	292 - 332
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	333 - 367
59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	368 - 412
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	413 - 418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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