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- PDB-4r7o: Crystal Structure of Putative Glycerophosphoryl Diester Phosphodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7o
タイトルCrystal Structure of Putative Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterasefrom Bacillus anthraci
要素Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-structure / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.534 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterasefrom Bacillus anthraci
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
B: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
C: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
D: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
E: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
F: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
G: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,59134
ポリマ－235,6017
非ポリマー1,99027
水11,710650
1
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2208
ポリマ－33,6571
非ポリマー5637
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9665
ポリマ－33,6571
非ポリマー3094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9805
ポリマ－33,6571
非ポリマー3234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9665
ポリマ－33,6571
非ポリマー3094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0006
ポリマ－33,6571
非ポリマー3435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6822
ポリマ－33,6571
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7783
ポリマ－33,6571
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.644, 85.891, 191.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative / Putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量: 33657.344 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Ames (炭疽菌)
株: Ames / 遺伝子: BA_3560, BAS3300, GBAA_3560 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q81YI6, UniProt: A0A6L7H2E6*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 677分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M litium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30 %(w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 95660 / Num. obs: 95660 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.28 Å2 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4633 / Rsym value: 0.678 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2p76

2p76


解像度: 2.534→37.696 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1965 2.09 %random
Rwork0.154 ---
all0.155 93834 --
obs0.155 93834 96.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.534→37.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15688 0 110 650 16448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07721809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5466190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052782
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5343-2.59770.30831260.23285791591786
2.5977-2.66790.26841440.21766214635893
2.6679-2.74640.26961240.20276385650995
2.7464-2.8350.27621440.19926426657095
2.835-2.93630.26781310.19366501663296
2.9363-3.05380.24411430.18746543668697
3.0538-3.19270.22221400.18816640678098
3.1927-3.36090.21831380.17276652679099
3.3609-3.57140.22381480.15636717686599
3.5714-3.84690.17581480.1326710685899
3.8469-4.23350.16931400.116567526892100
4.2335-4.8450.15591460.105467816927100
4.845-6.10010.15281400.128668356975100
6.1001-37.70020.18061530.14926922707599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13490.34750.05372.1847-0.1322.46-0.0473-0.25230.170.1484-0.00190.07-0.2050.02670.04770.24380.0597-0.02760.29790.03970.252265.370723.246340.2161
24.6208-0.26032.27553.4335-2.7633.86770.02620.4547-0.0036-0.246-0.2431-0.45430.010.61980.12720.20020.01810.03930.2608-0.01160.280272.057428.657424.3553
32.0169-0.34130.091.9144-0.26091.71170.02880.0404-0.0744-0.07020.03230.09510.0233-0.0461-0.0560.17640.0171-0.00730.17160.00590.212952.12521.058822.0365
41.9767-0.1591-0.32731.92160.40133.45450.01480.0351-0.08680.0920.03790.13370.2751-0.1449-0.04330.23880.0478-0.03060.27040.01620.2781-22.892644.846248.6203
52.1392-0.27620.28761.9140.46453.2831-0.0191-0.0261-0.07150.06280.0132-0.14230.10060.09370.00510.1528-0.0154-0.02920.14670.02850.1899-1.958345.703549.4148
62.3095-0.55030.23712.9567-0.41562.34-0.02120.0332-0.0909-0.0379-0.0040.27780.0221-0.16690.02230.20080.0195-0.04310.249-0.02190.212925.693216.3374-20.9779
71.11410.3790.3891.56810.47192.3472-0.051-0.02160.00290.083-0.0070.085-0.0469-0.01570.0560.16030.032-0.01560.1890.0130.223235.741120.6111-5.4095
83.52680.0635-0.58673.6239-0.98073.58710.03070.03330.0165-0.0032-0.0794-0.2583-0.10210.59650.03350.23370.006-0.04660.2586-0.03140.208713.87742.895975.0706
91.2548-0.40871.22133.6251-1.45717.55740.09850.0452-0.1178-0.13820.14060.4765-0.6408-0.3643-0.09290.29160.02710.01260.1828-0.00830.3521.587653.24879.7286
101.5096-0.10660.00312.5750.10094.0891-0.0233-0.30840.04080.22240.0901-0.04260.13460.2306-0.0530.18560.0384-0.00570.2220.00510.22596.994840.280895.8891
112.9887-0.3234-0.20682.07630.13811.62320.1304-0.06720.27050.0452-0.02480.0233-0.24280.0486-0.09440.22470.00270.03730.15840.02590.232242.875352.031422.5358
122.1462-0.2799-1.02581.2739-0.00512.38870.1754-0.0570.22420.04860.0027-0.0134-0.1855-0.0942-0.13970.19180.03050.01180.17080.00370.341826.570352.397832.7989
131.31340.5031-2.65122.9033-0.66779.50320.13370.05930.11190.0343-0.18490.04210.19530.20470.08980.19730.05180.06040.25140.01610.282822.912717.559833.202
142.5268-0.65580.37451.64310.1743.2416-0.03880.3257-0.1343-0.0904-0.01720.18110.1826-0.24010.0510.2914-0.05350.04150.29510.02920.304425.252814.413621.507
153.69430.8965-0.72118.26532.49196.11970.06010.4858-0.2560.2037-0.15940.30810.9591-0.39320.05740.43850.0471-0.00520.2335-0.03720.326627.30964.060130.847
167.1198-0.1027-2.83921.4993-0.76752.2453-0.34590.1286-0.27580.1296-0.0177-0.20790.61740.04330.32310.490.02230.07310.187-0.01150.312929.1668-0.555335.4813
173.80330.0346-0.52234.6136-0.75923.1307-0.04580.1282-0.1542-0.3063-0.01610.18560.4845-0.58680.05010.3425-0.09830.0210.3105-0.00010.201510.0084.334544.3071
181.85130.4358-0.66334.0964-0.29671.51880.2089-0.27610.22150.0717-0.16420.074-0.10240.0047-0.0230.31560.00260.03650.2593-0.02220.291517.556221.205744.1819
193.29590.9411-0.31212.8429-0.03575.44160.2981-0.77410.05460.3769-0.2015-0.3032-0.1860.1874-0.12920.39850.01690.04970.67090.0720.424538.800218.63478.8643
203.3620.3992-0.21223.46520.44984.70570.0269-0.1341-0.42470.1387-0.0627-0.170.9392-0.1890.08240.51460.00730.04880.42360.06680.38241.3194.006166.13
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 161 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 162 through 201 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 202 through 313 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 35 through 184 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 185 through 313 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 34 through 161 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 162 through 313 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 35 through 161 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 162 through 191 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 192 through 313 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 34 through 161 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 162 through 313 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 37 through 54 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 55 through 143 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 144 through 161 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 162 through 211 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 212 through 284 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 285 through 313 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 35 through 161 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 162 through 313 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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