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- PDB-4r7f: Crystal structure of a hypothetical protein (PARMER_01801) from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7f
タイトルCrystal structure of a hypothetical protein (PARMER_01801) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 2.30 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Three domains have an Immunoglobulin-like beta-sandwich fold / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Protein of unknown function DUF5103 / Type 9 secretion system plug protein 1st domain / metal ion binding / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides merdae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (PARMER_01801) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2488
ポリマ－46,7921
非ポリマー4567
水4,990277
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,49616
ポリマ－93,5842
非ポリマー91214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area33380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.567, 96.567, 148.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 46792.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae (バクテリア)
株: ATCC 43184 / 遺伝子: PARMER_01801 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7AEG3

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非ポリマー , 5種, 284分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 23-424 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M magnesium chloride, 2.5M sodium chloride, 0.1M TRIS pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97941,0.97898
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月21日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979411
30.978981
反射解像度: 2.3→25.203 Å / Num. all: 31486 / Num. obs: 31486 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.185 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.369.11.82092523031.25699.6
2.36-2.4292.12011822421.10299.7
2.42-2.498.92.41967022010.95699.7
2.49-2.578.12.71744421430.80299.7
2.57-2.667.82.91462318830.67991.9
2.66-2.759.141829920030.57199.6
2.75-2.859.651875719610.46399.8
2.85-2.979.461750618640.38199.8
2.97-3.19.28.11662017980.27699.8
3.1-3.259.111.31569017270.19199.9
3.25-3.439131487416520.159100
3.43-3.648.215.71276615660.11999.9
3.64-3.897.518.5997113320.09190.9
3.89-4.2924.41234513750.07599.3
4.2-4.69.327.21201712920.068100
4.6-5.149.226.61071411620.067100
5.14-5.948.422.4888610540.076100
5.94-7.277.61864768550.09196
7.27-10.298.927.359196660.06893.1
10.29-25.2038.731.235434070.05693.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→25.203 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 9.426 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.175
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. GLYCEROL (GOL), TRIS-BUFFER (TRS), MG and CL IONS FROM THE CRYOPROTECTANT AND FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 4. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU R CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 6. SOLVENT ATOMS WERE EXCLUDED FROM TLS REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1512 4.8 %RANDOM
Rwork0.1589 ---
obs0.1617 31457 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.43 Å2 / Biso mean: 41.6185 Å2 / Biso min: 18.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å2-0 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 0 26 277 3528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.9514710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7943.0017126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6455433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31725.303198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12815528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8471516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9886.9331633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9436.9271630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3212.9662048
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 45 -
Rwork0.226 2250 -
all-2295 -
obs--99.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.9494 Å / Origin y: 24.4776 Å / Origin z: 8.7129 Å
111213212223313233
T0.0089 Å2-0.0051 Å20.003 Å2-0.0269 Å20.0023 Å2--0.0103 Å2
L0.6944 °20.174 °2-0.5056 °2-0.1464 °2-0.1843 °2--0.4016 °2
S-0.0129 Å °0.1136 Å °-0.0159 Å °0.0212 Å °0.0023 Å °-0.0101 Å °-0.0061 Å °-0.0696 Å °0.0106 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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