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万見
- PDB-4r6u: IL-18 receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6u
タイトルIL-18 receptor complex
要素
  • Interleukin-18
  • Interleukin-18 receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-trefoil fold / Ig-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 binding / interleukin-18 receptor activity / interleukin-18 receptor complex / interleukin-18 receptor binding / interleukin-1 receptor activity / T-helper 1 cell differentiation / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production ...interleukin-18 binding / interleukin-18 receptor activity / interleukin-18 receptor complex / interleukin-18 receptor binding / interleukin-1 receptor activity / T-helper 1 cell differentiation / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / neutrophil activation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / negative regulation of myoblast differentiation / type 2 immune response / sleep / natural killer cell activation / Interleukin-1 processing / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of NK T cell proliferation / Interleukin-37 signaling / triglyceride homeostasis / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of cold-induced thermogenesis / natural killer cell mediated cytotoxicity / T-helper 1 type immune response / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / establishment of skin barrier / Pyroptosis / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type I/II / Interleukin-18 / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / TIR domain / Cytokine IL1/FGF / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Interleukin-1 receptor type I/II / Interleukin-18 / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / TIR domain / Cytokine IL1/FGF / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-18 receptor 1 / Interleukin-18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wei, H. / Wang, X.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the specific recognition of IL-18 by its alpha receptor.
著者: Wei, H. / Wang, D. / Qian, Y. / Liu, X. / Fan, S. / Yin, H.S. / Wang, X.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Interleukin-18 receptor 1
A: Interleukin-18 receptor 1
B: Interleukin-18
D: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,41212
ポリマ－109,6424
非ポリマー1,7708
水00
1
C: Interleukin-18 receptor 1
B: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7066
ポリマ－54,8212
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
2
A: Interleukin-18 receptor 1
D: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7066
ポリマ－54,8212
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.392, 85.603, 88.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-18 receptor 1 / IL-18R-1 / IL-18R1 / CD218 antigen-like family member A / CDw218a / IL1 receptor-related protein / ...IL-18R-1 / IL-18R1 / CD218 antigen-like family member A / CDw218a / IL1 receptor-related protein / IL-1Rrp / IL1R-rp


分子量: 36645.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18R1, IL1RRP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13478
#2: タンパク質 Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma


分子量: 18175.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18, IGIF, IL1F4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14116
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20% PEG3350, 0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月13日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 32392 / Num. obs: 31583 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J0S and 1ITB

1j0s

1itb


解像度: 2.8→38.901 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2817 1288 5.09 %
Rwork0.2331 --
obs0.2356 25300 96.93 %
all-26100 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6989 0 112 0 7101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7999768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5952714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.91210.43541490.32162684X-RAY DIFFRACTION98
2.9121-3.04460.35421490.32012702X-RAY DIFFRACTION99
3.0446-3.2050.36761270.27722706X-RAY DIFFRACTION98
3.205-3.40570.32311570.26992688X-RAY DIFFRACTION98
3.4057-3.66850.30011480.24922673X-RAY DIFFRACTION98
3.6685-4.03730.28311400.22842678X-RAY DIFFRACTION97
4.0373-4.62070.21961270.19292655X-RAY DIFFRACTION96
4.6207-5.81850.24221450.19932641X-RAY DIFFRACTION96
5.8185-38.9050.26331460.21962585X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3857-0.0945-0.15282.5109-0.45450.7934-0.0429-0.09670.00270.11080.0777-0.10140.08820.16160.00760.5132-0.0272-0.04240.6293-0.04610.5461237.9941-18.2775105.8764
22.26310.4968-0.03734.82-0.63742.71870.00020.1037-0.2591-0.0394-0.022-0.2130.01930.0112-0.00030.27530.047-0.00660.3815-0.0140.3736274.4672-5.1502105.2319
30.2465-0.0713-0.00132.8246-0.79681.24720.02230.06080.0272-0.15450.0018-0.1943-0.05620.1920.00660.4580.04090.03060.6253-0.00240.5559272.12873.6341112.617
41.5011-0.6333-0.15284.1123-0.53292.4596-0.0582-0.2790.06620.25030.05970.0354-0.16430.03640.00250.31610.0535-0.02230.48880.00460.3795238.5469-9.5478113.958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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