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- PDB-4r6q: Jacalin-carbohydrate interactions. Distortion of the ligand as a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6q
タイトルJacalin-carbohydrate interactions. Distortion of the ligand as a determinant of affinity.
要素
  • Agglutinin alpha chain
  • Agglutinin beta-3 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galactose specific lectin / beta-prism I fold / post translational proteolysis / T-antigen binding protein / Plant lectins / Galactose
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose / ISOPROPYL ALCOHOL / NITROBENZENE / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Swaminathan, C.P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Jacalin-carbohydrate interactions: distortion of the ligand molecule as a determinant of affinity.
著者: Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Swaminathan, C.P. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold.
著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexes.
著者: Jeyaprakash, A.A. / Geetha Rani, P. / Banuprakash Reddy, G. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural basis of the carbohydrate specificities of jacalin: an X-ray and modeling study.
著者: Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the energetics of jacalin-sugar interactions: promiscuity versus specificity.
著者: Arockia Jeyaprakash, A. / Jayashree, G. / Mahanta, S.K. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#5: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2002
タイトル: Structural basis for the unusual carbohydrate-binding specificity of jacalin towards galactose and mannose.
著者: Bourne, Y. / Astoul, C.H. / Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Menu-Bouaouiche, L. / Van Damme, E.J. / Barre, A. / Rouge, P.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns_shell / struct_conn
Item: _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,17424
ポリマ－66,4718
非ポリマー1,70416
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16740 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
2
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,02611
ポリマ－33,2354
非ポリマー7917
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
3
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,14813
ポリマ－33,2354
非ポリマー9139
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.630, 81.960, 63.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 12分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
Agglutinin beta-3 chain / Jacalin beta-3 chain


分子量: 1944.170 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 2-20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: P18673
#4: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 615分子

#3: 化合物
ChemComp-NBZ / NITROBENZENE


分子量: 123.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.4, 10% (v/v) isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日 / 詳細: Bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→60.5 Å / Num. all: 72829 / Num. obs: 72829 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.6-1.693.51.9104520.508195.3
1.69-5.063.56.5728290.095196.7
5.06-28.023.412.724090.059197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KU8

1ku8


解像度: 1.6→28.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.141 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22859 3656 5 %RANDOM
Rwork0.18444 ---
all0.18665 72829 --
obs0.18665 68998 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.64 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 116 603 5260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.024785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0721.9736502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0185589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27124.105190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55815682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.077158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 279 -
Rwork0.295 4916 -
obs--94.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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