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- PDB-4r5f: X-ray structure of the D199K mutant of the cysteine desulfurase I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r5f
タイトルX-ray structure of the D199K mutant of the cysteine desulfurase IscS from A. fulgidus
要素Cysteine desulfurase IscS 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase IscS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine desulfurase IscS 2
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pagnier, A. / Nicolet, Y. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / : 2015
タイトル: IscS from Archaeoglobus fulgidus has no desulfurase activity but may provide a cysteine ligand for [Fe2S2] cluster assembly.
著者: Pagnier, A. / Nicolet, Y. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2014年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase IscS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,07415
ポリマ-41,9031
非ポリマー2,17114
6,774376
1
A: Cysteine desulfurase IscS 2
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase IscS 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,14730
ポリマ-83,8052
非ポリマー4,34228
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area11370 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.620, 102.890, 108.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase IscS 2


分子量: 41902.676 Da / 分子数: 1 / 変異: D199K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: iscS2, AF_0564 / プラスミド: pAra-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O29689, cysteine desulfurase

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非ポリマー , 6種, 390分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H13N2O5P
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 sodium cacodylate pH 6.5, 15% (v/v) PEG 300, 2% (v/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46 Å / Num. all: 31629 / Num. obs: 30914 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
REFMAC精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HVK
解像度: 1.9→25.657 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2008 1542 4.99 %5% random
Rwork0.1506 ---
obs0.1531 30885 97.7 %-
all-31629 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 90 376 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2534378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9921241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.898-1.95910.35531280.30652422X-RAY DIFFRACTION90
1.9591-2.02910.25211390.22732655X-RAY DIFFRACTION99
2.0291-2.11030.2841410.20262692X-RAY DIFFRACTION99
2.1103-2.20630.20681420.1792683X-RAY DIFFRACTION99
2.2063-2.32250.24821390.16162685X-RAY DIFFRACTION99
2.3225-2.46790.22861420.16142689X-RAY DIFFRACTION100
2.4679-2.65830.23741420.16142700X-RAY DIFFRACTION99
2.6583-2.92540.21391430.15512714X-RAY DIFFRACTION99
2.9254-3.3480.21661410.14592684X-RAY DIFFRACTION98
3.348-4.21510.16081410.11362689X-RAY DIFFRACTION97
4.2151-25.65920.15381440.12562730X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.556 Å / Origin y: 16.3574 Å / Origin z: 13.2656 Å
111213212223313233
T0.1929 Å20.0177 Å20.0168 Å2-0.2406 Å2-0.0071 Å2--0.1667 Å2
L1.6585 °20.1498 °20.5446 °2-0.6096 °2-0.114 °2--1.3857 °2
S-0.0147 Å °0.1525 Å °0.112 Å °-0.052 Å °0.0026 Å °0.1033 Å °-0.0423 Å °-0.156 Å °0.0096 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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