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万見
- PDB-4r4h: Crystal structure of non-neutralizing, A32-like antibody 2.2c in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r4h
タイトルCrystal structure of non-neutralizing, A32-like antibody 2.2c in complex with HIV-1 Env gp120
要素
  • Antibody 2.2c, Heavy chain
  • Antibody 2.2c, Light chain
  • HIV-1 Env gp120
  • T-cell surface glycoprotein CD4
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 attachment glycoprotein gp120 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / T cell receptor complex / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of establishment of T cell polarity / T cell activation / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-2 production / protein tyrosine kinase binding / host cell endosome membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / transmembrane signaling receptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of T cell activation / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of viral entry into host cell / early endosome / viral protein processing / cell adhesion / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / immune response / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / protein kinase binding / apoptotic process / enzyme binding / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.28 Å
データ登録者Mclellan, J. / Acharya, P. / Huang, C.-C. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural Definition of an Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity Response Implicated in Reduced Risk for HIV-1 Infection.
著者: Acharya, P. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Wu, X. / Yu, L. / Liu, T. / Huang, W. / Huang, C.C. / Kwon, Y.D. / Louder, R.K. / Luongo, T.S. / McLellan, J.S. / Pancera, M. / Yang, Y. / Zhang, B. ...著者: Acharya, P. / Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Wu, X. / Yu, L. / Liu, T. / Huang, W. / Huang, C.C. / Kwon, Y.D. / Louder, R.K. / Luongo, T.S. / McLellan, J.S. / Pancera, M. / Yang, Y. / Zhang, B. / Flinko, R. / Foulke, J.S. / Sajadi, M.M. / Kamin-Lewis, R. / Robinson, J.E. / Martin, L. / Kwong, P.D. / Guan, Y. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Env gp120
B: T-cell surface glycoprotein CD4
L: Antibody 2.2c, Light chain
H: Antibody 2.2c, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,08812
ポリマ－115,3194
非ポリマー1,7708
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area43210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.357, 69.429, 328.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 Env gp120


分子量: 48975.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q73372*PLUS
#2: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface antigen T4/Leu-3


分子量: 19725.414 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 26-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD4 / 参照: UniProt: P01730
#3: 抗体 Antibody 2.2c, Light chain


分子量: 22912.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Antibody 2.2c, Heavy chain


分子量: 23704.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 5000 MME, 100 mM sodium acetate, and 100 mM Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月12日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.28→50 Å / Num. all: 10366 / Num. obs: 7941 / % possible obs: 76.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 4.28→4.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.28→47.727 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3199 423 5.33 %
Rwork0.3091 --
obs0.3097 7940 76.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.28→47.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7295 0 112 0 7407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77910304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6682756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.28-4.89870.39291090.35452071X-RAY DIFFRACTION65
4.8987-6.16970.35781450.33942624X-RAY DIFFRACTION81
6.1697-47.72950.28381690.28072822X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3417-0.50450.26552.3072-0.49833.4559-0.1701-0.49050.0030.5716-0.0752-0.11440.1662-0.2141.7534-0.0397-0.13711.8023-0.10631.55244.0141-17.8323-27.5239
23.2364-0.73621.42462.6822-2.40543.6911-0.0381-0.1201-0.3789-0.5508-0.1817-0.12740.3987-0.37471.4593-0.1247-0.0881.41960.03482.037-13.0924-9.8342-89.2427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B
2X-RAY DIFFRACTION2chain L or chain H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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