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万見
- PDB-4r3v: Structure of karilysin propeptide and catalytic MMP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r3v
タイトルStructure of karilysin propeptide and catalytic MMP domain
要素Karilysin
キーワードHYDROLASE / Metzincin metallopeptidase / Matrix metalloproteinase with unique propeptide / Bacterial matrix metalloproteinase-like enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / collagen catabolic process / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) ...Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lopez-Pelegrin, M. / Ksiazek, M. / Karim, A.Y. / Guevara, T. / Arolas, J.L. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A novel mechanism of latency in matrix metalloproteinases.
著者: Lopez-Pelegrin, M. / Ksiazek, M. / Karim, A.Y. / Guevara, T. / Arolas, J.L. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Karilysin
B: Karilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,39511
ポリマ－40,7772
非ポリマー6189
水4,071226
1
A: Karilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8367
ポリマ－20,3881
非ポリマー4476
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Karilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5594
ポリマ－20,3881
非ポリマー1713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.180, 121.690, 41.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Karilysin / Matrix metalloprotease-like enzyme / MMP-like enzyme / Karilysin long form Kly38 / Karilysin short form Kly18


分子量: 20388.416 Da / 分子数: 2
断片: the propeptide and the catalytic domain (UNP residues 21-201)
変異: E156A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
株: ATCC 43037 / JCM 10827 / FDC 338 / 遺伝子: kly, BFO_2683 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D0EM77, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 0.2 M potassium thiocyanate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月22日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→60.8 Å / Num. all: 22975 / Num. obs: 22975 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.01→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 22975 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE(EDNA)データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IN9

4in9


解像度: 2.01→60.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9394 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9244 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 741 3.25 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.165 22047 --
all-22047 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2342 Å20 Å2-7.8413 Å2
2---1.9049 Å20 Å2
3----3.3293 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.215 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→60.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 0 24 226 3084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012948HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.984020HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1273SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes432HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2948HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion370SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance28HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3528SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.11 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 741 3 %
Rwork0.165 2874 -
all0.1932 2963 -
obs-22047 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5159-0.0086-0.16562.23020.30130.39850.02820.03610.1101-0.0631-0.0398-0.0719-0.0459-0.02490.0116-0.0307-0.005-0.0321-0.1117-0.00050.163123.46667.799814.9053
21.2783-0.1262-0.03511.30270.1870.26160.0334-0.02970.0495-0.0587-0.0199-0.0430.0224-0.0236-0.0134-0.063-0.0019-0.0552-0.1432-0.02230.196911.975736.925623.4357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|21 - B|199 B|301 - B|301 B|302 - B|302 B|303 - B|303 }B21 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|21 - B|199 B|301 - B|301 B|302 - B|302 B|303 - B|303 }B301
3X-RAY DIFFRACTION1{ B|21 - B|199 B|301 - B|301 B|302 - B|302 B|303 - B|303 }B302
4X-RAY DIFFRACTION1{ B|21 - B|199 B|301 - B|301 B|302 - B|302 B|303 - B|303 }B303
5X-RAY DIFFRACTION2{ A|21 - A|199 A|301 - A|301 A|302 - A|302 A|303 - A|303 }A21 - 199
6X-RAY DIFFRACTION2{ A|21 - A|199 A|301 - A|301 A|302 - A|302 A|303 - A|303 }A301
7X-RAY DIFFRACTION2{ A|21 - A|199 A|301 - A|301 A|302 - A|302 A|303 - A|303 }A302
8X-RAY DIFFRACTION2{ A|21 - A|199 A|301 - A|301 A|302 - A|302 A|303 - A|303 }A303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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