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- PDB-4r3a: Erythrobacter litoralis EL346 blue-light activated histidine kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r3a
タイトルErythrobacter litoralis EL346 blue-light activated histidine kinase
要素Blue-light-activated histidine kinase 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / light-activated / LOV domain / histidine kinase / Bergerat fold / signal transduction / sensory transduction / photoreceptor / cell signaling / regulation / two-component system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, subgroup 2, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...Signal transduction histidine kinase, subgroup 2, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RIBOFLAVIN / Blue-light-activated histidine kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter litoralis HTCC2594 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rivera-Cancel, G. / Gardner, K.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Full-length structure of a monomeric histidine kinase reveals basis for sensory regulation.
著者: Rivera-Cancel, G. / Ko, W.H. / Tomchick, D.R. / Correa, F. / Gardner, K.H.
履歴
登録2014年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-light-activated histidine kinase 2
B: Blue-light-activated histidine kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0588
ポリマ－77,2452
非ポリマー1,8146
水00
1
A: Blue-light-activated histidine kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5294
ポリマ－38,6221
非ポリマー9073
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Blue-light-activated histidine kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5294
ポリマ－38,6221
非ポリマー9073
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.882, 98.882, 422.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Blue-light-activated histidine kinase 2 / EL346-LOV-histidine kinase / EL346-LOV-HK


分子量: 38622.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erythrobacter litoralis HTCC2594 (バクテリア)
株: HTCC2594 / 遺伝子: ELI_04860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2NB77, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 26% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris, 0.1 mM reduced L-glutathione, 0.1 mM oxidized L-glutathione, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→50 Å / Num. obs: 17699 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 50 / 冗長度: 33.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 27.1 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R38, 4R39

4r38

4r39


解像度: 2.92→46.6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 1693 -
Rwork0.29 --
obs0.294 16909 94.7 %
all-16909 -
原子変位パラメータBiso mean: 98.13 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4615 0 118 0 4733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004
LS精密化 シェル解像度: 2.92→3.0042 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4528 87 -
Rwork0.3677 0 -
obs--1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4562-3.3744-5.16861.92631.7629.57870.13630.3086-0.2889-0.35980.0169-0.46350.15650.212-0.15381.320.1182-0.34421.22-0.24071.3017-3.885113.575445.0706
22.90210.0062-0.61382.6633-1.2910.75280.0340.5035-0.401-0.36340.13810.20040.25720.1194-0.31060.3213-0.144-0.28550.1586-0.20180.24143.828322.904752.1676
36.7223.32320.04951.6543-0.1583.036-0.0993-0.23110.08850.16640.0351-0.3647-0.0010.32770.11590.29250.287-0.11310.4853-0.03660.612315.441320.162266.7147
42.32130.4753-1.52733.4725-1.29531.2912-0.10970.301-0.1903-0.64860.04370.54950.1487-0.25860.0770.5396-0.0639-0.17550.103-0.02190.65115.908617.838551.9354
51.7837-1.13610.19114.005-0.55594.9751-0.25590.1909-0.4138-0.51940.2994-0.15610.47210.41990.08460.3383-0.06520.06890.2211-0.04340.39816.455518.065552.7699
61.15950.47730.26340.68170.18931.3428-0.0892-0.01310.0878-0.09060.0241-0.1806-0.09590.1738-0.20510.218-0.4225-0.14760.3178-0.08620.331717.722431.638455.9386
70.8385-0.8299-0.73233.69212.14482.268-0.07680.2029-0.0818-0.53230.0918-0.2257-0.05130.2099-0.25430.5033-0.28280.07150.2859-0.24210.191213.383325.14847.5911
84.1234-2.5025-1.49246.2934-1.17882.9503-0.1103-0.4414-0.0930.55720.08320.8031-0.0669-0.71990.02540.29450.0448-0.03670.6451-0.1990.50564.072728.481171.0259
92.04830.72831.30383.59860.07990.8732-0.14220.4879-0.1695-0.65610.2087-0.2342-0.23610.3785-0.11560.2851-0.1681-0.05990.2814-0.18930.242810.605627.026849.1489
100.85570.61760.55510.90910.47141.5263-0.2220.1493-0.0265-0.3503-0.05720.0939-0.0047-0.0635-0.21540.1991-0.3688-0.5604-0.1211-0.24910.4167-1.209529.070653.6612
110.47220.21830.32480.48550.07660.6897-0.0620.1955-0.2652-0.23130.03580.35750.0523-0.0836-0.18370.2273-0.5262-1.1495-0.0397-0.36320.5869-18.526527.58247.6583
122.4291-0.06941.75950.71380.95282.66490.1342-0.0025-0.0339-0.065-0.11370.41440.1459-0.3021-0.12970.4213-0.0495-0.55940.0706-0.07980.8996-25.180730.690258.6055
130.1822-0.76540.41223.3746-1.26352.19230.0544-0.0324-0.0591-0.1745-0.14850.4171-0.005-0.16750.02680.3126-0.1691-0.567-0.0102-0.07870.6176-17.227335.506560.7962
142.94832.2996-1.00162.3936-0.56075.54140.2925-0.170.19520.2089-0.00750.1433-0.39540.5246-0.12440.60040.0134-0.51990.1583-0.05840.823-21.983138.913653.7085
150.3599-0.049-0.75830.00570.10261.5864-0.0080.28940.2375-0.29610.064-0.3186-0.32110.2338-0.08121.99320.0185-0.22711.6306-0.1991.09154.174232.50765.5811
160.49340.79-0.99841.2628-1.59642.01750.0932-0.38810.27290.21510.0982-0.0666-0.39890.4041-0.19652.3982-0.0092-0.37372.0219-0.16871.6650.818636.669210.9923
170.81020.60210.83914.5114-5.15949.10890.17590.57190.8105-0.5085-0.0809-0.0528-0.7837-0.168-0.09131.95290.1099-0.26861.5374-0.22411.31872.922137.355722.2004
182.24780.30311.74310.992-0.71812.30780.01590.01650.1828-0.03330.081-0.0212-0.2555-0.05040.00622.18040.0148-0.271.6611-0.24521.28328.452338.591213.2011
198.07122.22486.95340.61351.91585.99130.1082-0.0784-0.94380.51530.0968-0.48711.12070.0761-0.1821.9059-0.0107-0.19611.6524-0.29071.079919.41627.337817.8051
200.6124-0.03450.49730.64330.57852.36640.07760.185-0.1521-0.1020.02360.07310.1924-0.0904-0.02091.71790.0727-0.22091.4919-0.45671.175911.029623.93613.5422
211.32510.2489-1.88526.10220.67812.85790.08480.3978-0.2299-0.07420.05040.02670.24980.0678-0.13131.53410.0059-0.11291.2998-0.51390.79466.617624.428518.0782
220.95090.6629-1.88084.3534-0.79763.79450.29530.4928-0.0137-0.1892-0.06250.05760.60120.4902-0.19721.5443-0.057-0.15391.2796-0.40110.71152.859627.308614.6976
230.60950.1977-0.22690.71850.34221.0607-0.18320.4011-0.0639-0.12690.19980.071-0.0873-0.1569-0.01191.3592-0.0736-0.59911.2786-0.4170.8256-8.072226.070219.8101
241.9035-0.1250.9751.59740.0331.8505-0.05240.10540.0921-0.1242-0.00210.038-0.10150.01530.03510.8537-0.1892-0.85780.8973-0.13540.8133-17.770629.107432.7887
252.7342-0.62242.09412.1549-0.81834.0612-0.092-0.00650.11590.04030.0602-0.1179-0.1935-0.1210.1111.1778-0.2556-0.6721.4338-0.41830.8497-19.91428.966522.9545
261.1872-0.28660.8040.1913-0.6362.22130.07640.1257-0.16990.0651-0.06880.10660.1747-0.0792-0.11250.9845-0.0616-0.63391.1568-0.20060.86-28.889627.54730.8021
270.145-0.3753-0.29261.07030.51141.0384-0.04490.1572-0.0156-0.07850.11630.124-0.1248-0.15680.05821.491-0.1038-0.77451.8971-0.14620.7907-27.984430.526714.3286
280.94-0.35811.01942.4036-0.20861.94090.03120.0739-0.2162-0.0229-0.03220.04870.260.16-0.29620.9929-0.1472-0.83171.3819-0.3160.811-28.899520.84324.3099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 24 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 32 through 43 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 44 through 64 )
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 103 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 104 through 112 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 113 through 125 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 129 through 187 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 188 through 271 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 272 through 298 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 299 through 318 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 319 through 338 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 19 through 30 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 31 through 36 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 37 through 43 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 44 through 58 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 59 through 64 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 65 through 93 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 94 through 103 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 104 through 124 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 135 through 188 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 189 through 233 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 234 through 254 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 255 through 282 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 283 through 310 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 311 through 336 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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