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Yorodumi- PDB-4r3a: Erythrobacter litoralis EL346 blue-light activated histidine kinase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r3a | ||||||
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Title | Erythrobacter litoralis EL346 blue-light activated histidine kinase | ||||||
Components | Blue-light-activated histidine kinase 2 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / light-activated / LOV domain / histidine kinase / Bergerat fold / signal transduction / sensory transduction / photoreceptor / cell signaling / regulation / two-component system | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein histidine kinase activity / response to stimulus / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Erythrobacter litoralis HTCC2594 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.92 Å | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Rivera-Cancel, G. / Gardner, K.H. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Full-length structure of a monomeric histidine kinase reveals basis for sensory regulation. Authors: Rivera-Cancel, G. / Ko, W.H. / Tomchick, D.R. / Correa, F. / Gardner, K.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r3a.cif.gz | 350.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r3a.ent.gz | 296 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r3a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r3a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4r38SC 4r39SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38622.352 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Erythrobacter litoralis HTCC2594 (bacteria) Strain: HTCC2594 / Gene: ELI_04860 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q2NB77, histidine kinase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 6 Details: 26% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris, 0.1 mM reduced L-glutathione, 0.1 mM oxidized L-glutathione, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2010 / Details: MONOCHROMATOR |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.92→50 Å / Num. obs: 17699 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 50 / Redundancy: 33.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3 Å / Redundancy: 27.1 % / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4R38, 4R39 Resolution: 2.92→46.6 Å / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Displacement parameters | Biso mean: 98.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.46 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.92→46.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.92→3.0042 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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