PDB-4r39: Histidine kinase domain from Erythrobacter litoralis EL346 blue-l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r39

タイトル

Histidine kinase domain from Erythrobacter litoralis EL346 blue-light activated histidine kinase

要素

Blue-light-activated histidine kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / light-activated / histidine kinase domain / Bergerat fold / sensory transduction / signal transduction / photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

protein histidine kinase activity / response to stimulus / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Erythrobacter litoralis HTCC2594 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Rivera-Cancel, G. / Gardner, K.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Full-length structure of a monomeric histidine kinase reveals basis for sensory regulation.
著者: Rivera-Cancel, G. / Ko, W.H. / Tomchick, D.R. / Correa, F. / Gardner, K.H.

履歴

登録	2014年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4r39.ent.gz	401.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4r39_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
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関連構造データ

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類似構造データ	2gsq-d 6y73-7 6y4y-2 5ujp-d 6y4z-1 7cmm-2 6y4z-4 6y4y-3 3pz5-1 2zfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
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登録構造単位

A: Blue-light-activated histidine kinase 2

B: Blue-light-activated histidine kinase 2

C: Blue-light-activated histidine kinase 2

D: Blue-light-activated histidine kinase 2

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Blue-light-activated histidine kinase 2

ヘテロ分子

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2

B: Blue-light-activated histidine kinase 2

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D: Blue-light-activated histidine kinase 2

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単位格子

Length a, b, c (Å)	120.503, 120.503, 192.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Blue-light-activated histidine kinase 2 / EL346-LOV-histidine kinase / EL346-LOV-HK 分子量: 24933.115 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal histidine kinase, UNP residues 121-346 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Erythrobacter litoralis HTCC2594 (バクテリア) 株: HTCC2594 / 遺伝子: ELI_04860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2NB77, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.5	64.86
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6	8% PEG 8000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7	6% PEG 8000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.97934
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97912

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2012年8月8日	monochromator
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2012年10月18日	monochromator

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97934	1
2	0.97912	1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 43630 / Num. obs: 43630 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.101

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	4.4	0.835	2165	0.977	1,2	99.4
2.64-2.69	4.7	0.707	2156	1.013	1,2	99.6
2.69-2.74	4.8	0.578	2172	0.997	1,2	99.7
2.74-2.8	4.9	0.526	2180	1.03	1,2	99.7
2.8-2.86	4.9	0.453	2154	0.957	1,2	100
2.86-2.93	4.9	0.396	2164	1.033	1,2	99.7
2.93-3	4.9	0.305	2162	0.948	1,2	99.6
3-3.08	4.9	0.242	2182	1.034	1,2	99.4
3.08-3.17	4.9	0.212	2151	1.092	1,2	99.1
3.17-3.28	4.9	0.16	2191	1.163	1,2	99.5
3.28-3.39	4.9	0.122	2149	1.137	1,2	99.4
3.39-3.53	4.8	0.108	2185	1.132	1,2	99.3
3.53-3.69	4.8	0.092	2168	1.201	1,2	98.7
3.69-3.88	4.8	0.076	2189	1.182	1,2	98.5
3.88-4.13	4.7	0.064	2190	1.138	1,2	99.1
4.13-4.45	4.7	0.059	2169	1.151	1,2	97.8
4.45-4.89	4.6	0.054	2185	1.183	1,2	97.8
4.89-5.6	4.5	0.06	2202	1.213	1,2	97.6
5.6-7.05	4.5	0.053	2212	1.29	1,2	96.5
7.05-50	4.4	0.031	2304	1.164	1,2	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.603→41.25 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2208	2180	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1831	-	-	-
all	0.185	43544	-	-
obs	0.185	43544	98.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.15 Å² / B_iso mean: 35.99 Å² / B_iso min: 0.9 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→41.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6346	0	128	274	6748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6556
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.899	8925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.289	2445

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.603-2.6592	0.3193	151	0.2716	2512	2663	99
2.6592-2.7211	0.3122	136	0.2439	2569	2705	100
2.7211-2.7891	0.282	137	0.2389	2569	2706	99
2.7891-2.8645	0.2786	130	0.2325	2583	2713	100
2.8645-2.9488	0.2928	137	0.2296	2566	2703	99
2.9488-3.0439	0.2699	131	0.2086	2560	2691	100
3.0439-3.1527	0.2572	135	0.2039	2593	2728	99
3.1527-3.2789	0.2424	130	0.196	2582	2712	99
3.2789-3.428	0.2311	131	0.2008	2571	2702	99
3.428-3.6087	0.2327	124	0.1839	2586	2710	99
3.6087-3.8346	0.1941	147	0.1707	2573	2720	99
3.8346-4.1304	0.2024	144	0.1534	2598	2742	99
4.1304-4.5456	0.1813	136	0.1475	2574	2710	98
4.5456-5.2023	0.1884	143	0.1491	2595	2738	98
5.2023-6.5501	0.2102	133	0.1994	2623	2756	97
6.5501-41.255	0.1876	135	0.1686	2710	2845	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5282	2.1911	1.9804	4.0901	2.9819	7.3505	0.3039	-0.7269	0.0699	0.3257	0.1144	0.4118	0.1626	-0.2058	-0.2752	0.2591	-0.0401	0.0234	0.4665	0.1052	0.2855	47.2208	19.2616	93.788
2	3.8354	0.9619	-0.4365	1.9046	-2.1186	2.5132	0.0801	-0.2117	-0.2627	0.1887	0.0038	-0.0461	-0.0068	0.2813	-0.0845	0.1449	0.0477	-0.0135	0.3726	0.0002	0.3746	57.0244	21.0539	88.4124
3	2.2981	-1.0017	0.6401	1.2541	1.0696	2.5835	0.0705	-0.4229	-0.174	0.242	-0.0045	0.1998	0.1281	-0.2443	-0.0651	0.1572	-0.0475	-0.0035	0.3484	0.0761	0.2139	41.4297	20.5231	84.875
4	1.2479	0.314	-0.5243	1.7041	-0.396	0.7981	0.0538	-0.1241	-0.1686	0.0993	0.0204	-0.1312	-0.082	0.1123	-0.0392	0.0639	-0.0355	-0.012	0.2605	-0.027	0.1346	46.6522	28.6449	75.1886
5	2.7522	2.2339	0.4971	4.304	0.1732	0.9436	0.0007	0.2043	-0.0913	-0.2349	0.0849	0.0407	-0.0417	0.152	-0.0829	0.0731	-0.0019	0.0377	0.2538	-0.0778	0.1937	47.358	29.0224	65.3074
6	1.7645	-2.2547	1.5215	5.9159	-2.8379	1.5746	0.1807	0.3688	0.0022	-0.3858	-0.2236	-0.6533	0.2226	0.4217	0.0629	0.157	0.064	-0.0082	0.4761	-0.056	0.3745	62.9861	25.6237	65.4986
7	1.384	-0.4024	0.5364	1.2049	-0.5004	1.7136	0.1129	0.0202	-0.4532	-0.1477	0.0381	-0.0279	0.3127	0.1454	0.064	0.1205	0.0377	0.0257	0.3024	-0.0984	0.2956	50.0919	15.591	69.8017
8	3.3554	-0.3295	-1.8507	2.5693	1.521	3.5389	-0.018	-0.1267	0.3381	0.1655	0.1126	-0.1745	-0.408	0.3571	-0.087	0.3653	-0.0945	0.0401	0.2545	-0.1211	0.3599	45.9465	56.9931	82.0297
9	1.5637	-0.3075	0.1586	1.6636	0.0059	1.725	0.0624	-0.1325	0.4453	0.0305	-0.0269	0.1272	-0.3008	-0.036	-0.0583	0.1606	0.0036	0.0657	0.2179	-0.048	0.2302	33.4537	47.3857	73.282
10	2.6156	0.6449	0.5006	1.4391	0.3124	1.6945	-0.0349	0.141	0.2079	-0.2451	-0.004	0.0426	-0.2427	0.0649	0.0175	0.6481	0.0232	0.1406	0.9466	0.1402	0.3258	39.3257	40.9048	28.6737
11	0.4824	0.1267	-1.2435	1.4793	0.0732	4.8566	-0.1533	0.1234	-0.1135	-0.382	0.0814	-0.2191	0.0524	0.1704	0.0292	0.5457	0.1073	0.1645	1.0201	-0.081	0.3415	44.7528	31.5278	28.741
12	0.2307	-0.0223	0.1384	1.805	0.5472	2.6018	0.0058	0.2112	-0.0111	-0.1561	-0.0123	0.014	-0.0549	0.0366	0.0035	0.2309	0.0982	0.0027	0.7786	0.0141	0.1864	36.2542	36.698	36.6148
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14	1.5668	0.7277	-0.4626	1.8524	-0.6629	1.744	0.1747	0.3489	-0.0563	-0.0577	-0.0056	0.0965	-0.1994	0.1864	-0.0835	0.1123	0.0169	0.0134	0.3876	-0.0733	0.1839	35.0349	31.8191	48.6969
15	0.3647	0.1375	-0.3119	1.7557	0.1057	0.5551	-0.0756	0.1764	-0.0821	-0.2869	0.0301	-0.1559	0.0887	0.0306	0.0763	0.2237	0.0526	0.0534	0.551	-0.0893	0.1676	43.2921	29.5196	43.0679
16	3.0012	1.7694	0.3881	2.9379	0.6145	1.4676	0.2781	0.1449	-0.2471	0.0571	-0.053	-0.1648	0.0077	0.1193	-0.1235	0.1276	0.0372	0.0169	0.2772	-0.1304	0.2255	42.6843	27.3773	54.6583
17	2.1313	1.1198	-2.1542	0.5882	-1.1312	2.1763	-0.2096	-0.1024	-0.401	-0.493	-0.142	-0.548	0.4158	0.4239	0.3496	0.3885	0.1711	0.1005	0.7262	-0.2407	0.6196	50.3352	15.8743	46.5153
18	0.0968	-0.3603	-0.1885	2.3907	1.9183	1.7768	-0.1283	0.1614	-0.2353	-0.2729	0.0037	-0.2064	0.1164	0.0704	-0.0519	0.3832	0.1445	0.1951	0.7457	-0.1456	0.3666	52.4278	28.9904	39.5296
19	5.8304	4.5777	-5.023	3.662	-4.1908	5.2209	-0.1814	-0.0343	-0.5777	-0.5696	-0.1876	-0.8138	0.427	0.3994	0.4184	0.1781	0.0727	0.051	0.3132	-0.1025	0.2818	51.2835	22.6119	52.7919
20	1.4293	1.4839	-1.0138	2.6369	-0.5734	1.2308	0.1381	0.2931	0.2714	-0.2	-0.0542	-0.2642	-0.2156	0.2667	-0.1099	0.1742	-0.0105	0.0585	0.5304	0.0742	0.2888	52.9251	39.307	48.1705
21	3.2093	-1.03	0.8407	3.3332	0.2655	3.8666	0.2574	0.1492	-0.1168	-0.2359	-0.0294	0.1485	0.1625	0.0295	-0.1483	0.1341	0.0193	-0.0919	0.3583	-0.0872	0.3651	7.7879	21.0303	46.6526
22	1.7126	0.134	0.3014	0.6318	-0.0263	1.3163	0.1148	0.1796	-0.1082	-0.0173	0.0019	0.1153	-0.019	-0.0909	-0.0961	0.0863	0.0514	-0.0063	0.2531	-0.0315	0.1776	19.7088	31.2951	56.3971
23	2.5784	0.3164	-0.6276	1.01	-0.6401	2.4462	0.124	-0.2232	-0.1161	0.0886	-0.0005	0.6078	0.0037	-0.4422	-0.0793	0.0873	0.0408	0.0019	0.3616	-0.0153	0.1945	15.3573	30.9133	67.3733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 127 through 145 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 146 through 171 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 172 through 200 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 201 through 254 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 255 through 282 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 283 through 298 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 299 through 343 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 130 through 189 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 190 through 341 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 130 through 145 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 146 through 170 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 171 through 189 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 190 through 200 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 201 through 233 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 234 through 254 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 255 through 282 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 283 through 298 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 299 through 311 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 312 through 324 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 325 through 340 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 127 through 169 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 170 through 311 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 312 through 343 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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