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- PDB-2gsq: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FROM SQUID DIGESTIVE GLAND COMPLEXED WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsq
タイトルGLUTATHIONE S-TRANSFERASE FROM SQUID DIGESTIVE GLAND COMPLEXED WITH S-(3-IODOBENZYL)GLUTATHIONE
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / SQUID DIGESTIVE GLAND / SIGMA CLASS
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-crystallin / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...S-crystallin / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-(3-IODOBENZYL)GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Ommastrephes sloani (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ji, X. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Location of a potential transport binding site in a sigma class glutathione transferase by x-ray crystallography.
著者: Ji, X. / von Rosenvinge, E.C. / Johnson, W.W. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Three-Dimensional Structure, Catalytic Properties and Evolution of a Sigma Class Glutathione Transferase from Squid, a Progenitor of the Lens-Crystallins of Cephalopods
著者: Ji, X. / Von Rosenvinge, E.C. / Johnson, W.W. / Tomarev, S.I. / Piatigorsky, J. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
履歴
登録1995年4月14日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9634
ポリマ－22,8211
非ポリマー1,1433
水3,801211
1
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9278
ポリマ－45,6412
非ポリマー2,2856
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.150, 73.150, 94.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 51
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

GBI

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / SQUID GST


分子量: 22820.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ommastrephes sloani (無脊椎動物)
遺伝子: CDNA INSERT OF CLONE PGST5 / 器官: DIGESTIVE GLAND / プラスミド: GST5/PET / 遺伝子 (発現宿主): CDNA INSERT OF CLONE PGST5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5A / 参照: UniProt: P46088, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GBI / S-(3-IODOBENZYL)GLUTATHIONE / S-(3-ヨ-ドベンジル)グルタチオン


分子量: 523.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22IN3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-8 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
42 mMGSBzI1drop
540 %satammonium sulfate1drop
660-70 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: ELECTRONICS COMPUTING TECHNOLOGIES / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年5月29日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 15331 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.173 11649
原子変位パラメータBiso mean: 23.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 61 211 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.036
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.7081
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.1981.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.2941.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.9642
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0230.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2140.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1980.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor45
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor29.915
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(I): 1
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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