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- PDB-4r2k: Crystal structure of H119A mutant of YdaA (Universal Stress Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r2k
タイトルCrystal structure of H119A mutant of YdaA (Universal Stress Protein E) from Salmonella typhimurium
要素Universal stress protein E
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / UNKNOWN FUNCTION / Universal stress protein / HUP domain / Internal Symmetry / Stress tolerance / ATP binding / Zinc binding
機能・相同性Rossmann fold - #12370 / UspA / Universal stress protein family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / cytoplasm / Alpha Beta / OXALIC ACID / Universal stress protein E
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Bangera, M. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of two universal stress proteins YdaA and YnaF from Salmonella typhimurium: possible roles in microbial stress tolerance.
著者: Bangera, M. / Panigrahi, R. / Sagurthi, S.R. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Universal stress protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,97725
ポリマ－37,2211
非ポリマー1,75624
水5,855325
1
A: Universal stress protein E
ヘテロ分子

A: Universal stress protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,95450
ポリマ－74,4432
非ポリマー3,51148
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area13110 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area27780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.820, 79.820, 262.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

OXD

21A-616-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Universal stress protein E


分子量: 37221.477 Da / 分子数: 1 / 変異: H119A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM1661, uspE, ydaA uspE STM1661 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8ZP84
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸


分子量: 90.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: under oil, マイクロバッチ法
詳細: 2M Ammonium sulfate, Under oil, Microbatch, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953725 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月31日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→39.91 Å / Num. obs: 36482 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.086
反射 シェル解像度: 1.97→2.07 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE2データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 4R2J

4r2j


解像度: 1.97→39.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.692 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22857 1811 5 %RANDOM
Rwork0.1876 ---
obs0.18969 34480 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20.43 Å2-0 Å2
2--0.87 Å2-0 Å2
3----2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 105 325 2868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192602
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.9833527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89335772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68224.779113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34715419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.041512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.341.5491251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.341.5451250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9532.3081564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9562.311565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.481.9211351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4031.8711334
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.492.6541936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.12214.7343186
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.12214.7433187
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.966→2.017 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 125 -
Rwork0.201 2479 -
obs--99.66 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.047 Å / Origin y: -29.847 Å / Origin z: -8.172 Å
111213212223313233
T0.0599 Å2-0.0189 Å2-0.0063 Å2-0.011 Å2-0.0018 Å2--0.0417 Å2
L1.0514 °2-0.9556 °20.4979 °2-2.4246 °2-1.0598 °2--0.9373 °2
S0.1833 Å °-0.0411 Å °-0.0309 Å °0.0354 Å °-0.0563 Å °-0.0259 Å °-0.0103 Å °0.0435 Å °-0.1269 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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